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[Amber] 用Amber 进行动力学模拟水盒子和density时体积变得特别大怎么解决?

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发表于 Post on 2022-7-4 21:19:40 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
各位老师好,

目前我在计算一个高分子和小分子混合体系中加入不同水之后动力学过程中的密度(和体积相关)变化。体系在加入10个wat时,体系平衡时体积是6位数(得出的密度是0.9 g/cm3),但是体系中加入80个wat时,平衡时体系突然变成7位数(得出密度时0.13g/cm3)。理论上这个水的变化应该对体系的体积影响较小,而且文献上报道也是影响较小。请教大家这种体积的突然变大可能是什么原因造成的?谢谢。


The input file is as below,
  
EQUILIBRATION                                                                  
  
&cntrl                                                                          
  
   imin=0,            ! DEFAULT: Molecular  Dynamics                              
  
   ! Nature and format of  the  input                                             
  
      ntx=5,          ! Coordinates and velocities are read formatted, box info
  
      irest=1,        ! Restart calculation (requires velocities in .rst input f
  
   ! Nature and format of the  output                                            
  
      ntpr=2000,       ! Steps for energy info in .out and  .info                 
  
      ntwr=5000,      ! Steps for restart file  (.rst)                           
  
      ntwx=10000,       ! Steps for coordinates file  (.crd)                     
  
      ntwe=5000,       ! Steps for energy file  (.en)                             
  
   ! Potential  function                                                         
  
      ntf=2,          ! Bond interactions involving H-atoms omitted (to use with
  
       ntb=2,         ! Periodic boundary  conditions with constant pressure     
  
      cut=10.0,       ! Non Bounded cutoff in Angstrom (DEFAULT  8.0)            
  
   ! frozen on restrained  atoms                                                
  
      ntr=0,          ! DEFAULT: No position  restraint                           
  
   ! Molecular  dynamics                                                         
  
      nstlim=5000000,  ! MD  steps                                                
  
      dt=0.002,       ! DEFAULT: Time  step                                       
  
   ! Temperature  regulation                                                     
  
      ntt=3,          ! Langevin dynamics  thermostat                             
  
      gamma_ln=1.0,   ! Collision frequency of Langevin  dynamics                 
  
      ig=-1,       ! DEFAULT: Seed for pseudo number generator: change it at eac
  
       temp0=800.0,   ! Reference  temperature                                    
  
   ! Shake bond length  constraints(only for  MD)                                 
  
      ntc=2,          ! Bonds involving hydrogens are  constrained               
  
   ! Pressure  regulation                                                        
  
      ntp=1,          ! Isotropic position scaling for constant pressure dynamic
  
       pres0=1.0,     ! DEFAULT: Reference pressure (in  atm)                     
  
      taup=2.0        ! Pressure relaxation time (in  ps)                        
  
/                                                                              
  
  
The output volume for system with 10 water is as  below,
  
  
NSTEP =  4896000    TIME(PS) =   10792.000  TEMP(K) =   803.10   PRESS =  -652.4
  
Etot    =     45457.4263  EKtot    =     26014.2883   EPtot      =     19443.1380
  
BOND   =       6818.2948  ANGLE   =     17007.0722   DIHED      =       6326.1002
  
1-4 NB =       4612.0626  1-4 EEL =    -23855.8094   VDWAALS    =     -5994.5956
  
EELEC  =      14530.0132  EHBOND   =         0.0000   RESTRAINT  =         0.0000
  
EKCMT   =       235.0479  VIRIAL   =      2632.0001   VOLUME     =    170159.9645
  
                                                     Density    =          0.9443
  
Ewald error estimate:    0.3598E-03
  
  
  
The output volume for system with 80 water is as  below,
  
  
NSTEP =  1862000    TIME(PS) =    4724.000  TEMP(K) =    804.64  PRESS =   -48.8
  
Etot    =     48004.6123  EKtot    =     26394.9415   EPtot      =     21609.6708
  
BOND    =      6780.5406  ANGLE    =     16728.8495   DIHED      =      6484.5561
  
1-4 NB =       4664.3917  1-4 EEL =    -23855.7187   VDWAALS    =     -4080.4542
  
EELEC  =      14887.5059  EHBOND   =         0.0000   RESTRAINT  =         0.0000
  
EKCMT   =       423.2538  VIRIAL   =      1779.3135   VOLUME     =   1287085.3093
  
                                                     Density    =          0.1264
  
Ewald error estimate:    0.1658E-03
  


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