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# [Amber] 用Amber 进行动力学模拟水盒子和density时体积变得特别大怎么解决？

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Level 1 能力者 发表于 Post on 2022-7-4 21:19:40 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model

The input file is as below,
 EQUILIBRATION                                                                     &cntrl                                                                               imin=0,            ! DEFAULT: Molecular  Dynamics                                   ! Nature and format of  the  input                                                     ntx=5,          ! Coordinates and velocities are read formatted, box info         irest=1,        ! Restart calculation (requires velocities in .rst input f     ! Nature and format of the  output                                                    ntpr=2000,       ! Steps for energy info in .out and  .info                         ntwr=5000,      ! Steps for restart file  (.rst)                                    ntwx=10000,       ! Steps for coordinates file  (.crd)                              ntwe=5000,       ! Steps for energy file  (.en)                                  ! Potential  function                                                                 ntf=2,          ! Bond interactions involving H-atoms omitted (to use with         ntb=2,         ! Periodic boundary  conditions with constant pressure             cut=10.0,       ! Non Bounded cutoff in Angstrom (DEFAULT  8.0)                 ! frozen on restrained  atoms                                                         ntr=0,          ! DEFAULT: No position  restraint                                ! Molecular  dynamics                                                                 nstlim=5000000,  ! MD  steps                                                        dt=0.002,       ! DEFAULT: Time  step                                            ! Temperature  regulation                                                             ntt=3,          ! Langevin dynamics  thermostat                                     gamma_ln=1.0,   ! Collision frequency of Langevin  dynamics                         ig=-1,       ! DEFAULT: Seed for pseudo number generator: change it at eac         temp0=800.0,   ! Reference  temperature                                         ! Shake bond length  constraints(only for  MD)                                         ntc=2,          ! Bonds involving hydrogens are  constrained                     ! Pressure  regulation                                                                ntp=1,          ! Isotropic position scaling for constant pressure dynamic         pres0=1.0,     ! DEFAULT: Reference pressure (in  atm)                             taup=2.0        ! Pressure relaxation time (in  ps)                           /                                                                                    The output volume for system with 10 water is as  below,     NSTEP =  4896000    TIME(PS) =   10792.000  TEMP(K) =   803.10   PRESS =  -652.4  Etot    =     45457.4263  EKtot    =     26014.2883   EPtot      =     19443.1380  BOND   =       6818.2948  ANGLE   =     17007.0722   DIHED      =       6326.1002  1-4 NB =       4612.0626  1-4 EEL =    -23855.8094   VDWAALS    =     -5994.5956  EELEC  =      14530.0132  EHBOND   =         0.0000   RESTRAINT  =         0.0000  EKCMT   =       235.0479  VIRIAL   =      2632.0001   VOLUME     =    170159.9645                                                       Density    =          0.9443  Ewald error estimate:    0.3598E-03        The output volume for system with 80 water is as  below,     NSTEP =  1862000    TIME(PS) =    4724.000  TEMP(K) =    804.64  PRESS =   -48.8  Etot    =     48004.6123  EKtot    =     26394.9415   EPtot      =     21609.6708  BOND    =      6780.5406  ANGLE    =     16728.8495   DIHED      =      6484.5561  1-4 NB =       4664.3917  1-4 EEL =    -23855.7187   VDWAALS    =     -4080.4542  EELEC  =      14887.5059  EHBOND   =         0.0000   RESTRAINT  =         0.0000  EKCMT   =       423.2538  VIRIAL   =      1779.3135   VOLUME     =   1287085.3093                                                       Density    =          0.1264  Ewald error estimate:    0.1658E-03

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