计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: 七尺贱
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[建模与可视化] VMD绘制前线轨道图与Gaussian绘制前线轨道图哪个更好看?

[复制链接 Copy URL]

327

帖子

2

威望

2671

eV
积分
3038

Level 5 (御坂)

16#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-6 11:53:37 | 只看该作者 Only view this author
阿瞳 发表于 2022-7-6 10:57
借个楼,我想问下这绘制出来的前线轨道到底有什么用,能说明什么问题,感觉大家都在画,但仔细看文献关于这 ...
但仔细看文献关于这部分的讨论什么样的都有

这说明大家在根据自己的体系用前线轨道说明特定问题,你要弄懂自己画这个轨道是为了说明什么问题再去决定要不要画轨道

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17098

Level 6 (一方通行)

17#
发表于 Post on 2022-7-6 16:36:13 | 只看该作者 Only view this author
阿瞳 发表于 2022-7-6 10:57
借个楼,我想问下这绘制出来的前线轨道到底有什么用,能说明什么问题,感觉大家都在画,但仔细看文献关于这 ...

文献中的绝大多数(至少80%吧)分子轨道图没卵用瞎分析,是对着结论反过来找图像依据的;换一个体系只给HOMO/LUMO他们多半是定性定不对的。有90%(可能超过95%)的分子轨道图用其他种类的实空间函数替代可以更好的解释相应问题。分子复杂、对称性高、有多个轨道能级相近的体系尤其如此。

评分 Rate

参与人数
Participants 2
eV +8 收起 理由
Reason
zjxitcc + 3 我很赞同
snljty2 + 5 很赞同

查看全部评分 View all ratings

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

18#
发表于 Post on 2022-7-7 03:22:06 | 只看该作者 Only view this author
阿瞳 发表于 2022-7-6 10:57
借个楼,我想问下这绘制出来的前线轨道到底有什么用,能说明什么问题,感觉大家都在画,但仔细看文献关于这 ...

在不知道有什么用的情况下就根本别绘制
很多文章、学位论文,给出一堆轨道图却没讨论出什么东西,是典型的凑数据
还有的文章,由于作者不知道对一个问题真正应该怎么去分析,不知道有哪些真正有价值的讨论手段可用,于是就摆出一堆轨道图强行从上面分析,大多没什么可信度,甚至极具误导性。这种作者需要多读书。
比如最近我审的一篇ChemPhysChem稿子,研究18碳环衍生物和一个小分子的共价相互作用,明明用Multiwfn做ETS-NOCV(http://sobereva.com/609)、CDA(http://sobereva.com/166)等等去分析能得到清晰的关于轨道相互作用的信息,然而作者对成键分析近乎一无所知,就摆一堆整个体系的前线轨道图在那里主观地鬼扯一堆,完全不靠谱,被我comment。

研究问题切勿不求甚解,绝对不能看往往别人怎么干自己就怎么干。没意义、不恰当的做法绝对不要跟风效仿。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
wsz + 5 我很赞同

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

294

帖子

2

威望

3016

eV
积分
3350

Level 5 (御坂)

19#
发表于 Post on 2022-8-1 21:24:44 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2022-7-5 16:35
个人认为说实话你这个VMD图是挺丑的(准确的说不是丑,它作为无信息的封面图可能比GaussView的好看,但是Ga ...

我也觉得GV的更合适。

294

帖子

2

威望

3016

eV
积分
3350

Level 5 (御坂)

20#
发表于 Post on 2022-8-1 21:28:28 | 只看该作者 Only view this author
阿瞳 发表于 2022-7-6 10:57
借个楼,我想问下这绘制出来的前线轨道到底有什么用,能说明什么问题,感觉大家都在画,但仔细看文献关于这 ...

先复习一下结构化学,然后看一些综述,或者研究性论文,应该就差不多了。轨道跟很多方面相关,所以当然讨论什么的都有,只是有时讨论得不太正确。用不用轨道讨论,也看您的目的。例如仅仅要知道激发态归属的话,电子密度差图是可以的,不用画轨道。分子轨道本身是太基础的电子结构信息,所以能讨论的问题很多。你的问题就类似于问几何结构能用来讨论什么,为何很多论文都讨论几何结构(如晶体结构)。对于太泛的问题,要么打很多字去跟您解释,要么不理会您的问题。

9

帖子

0

威望

307

eV
积分
316

Level 3 能力者

21#
发表于 Post on 2023-4-14 11:58:58 | 只看该作者 Only view this author
阿瞳 发表于 2022-7-6 10:57
借个楼,我想问下这绘制出来的前线轨道到底有什么用,能说明什么问题,感觉大家都在画,但仔细看文献关于这 ...

大部分文献没啥用处,删了也不影响阅读,只是显示你的论文用了计算,实验+计算增加了工作量

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 13:32 , Processed in 0.252602 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list