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[CP2K] CP2K-singularity镜像分享

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发表于 Post on 2022-7-12 23:29:04 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 djjj148 于 2022-11-17 08:47 编辑

7.1-2022.1,全是avx2版本的,经测试发现avx2的镜像可以在avx512的机器上跑且速度没有任何差别。没有分享8.1版本,因为速度比其他版本慢了太多,不建议大家用。

PS:用夸克网盘是因为我一注册就有1T空间,下载时能轻易跑满百兆带宽,且免费。

链接:https://pan.quark.cn/s/403d794269fc

镜像的制作和使用方法见帖子:
http://bbs.keinsci.com/thread-25773-1-1.html

值得一提的是目前官方已经开始在docker上传镜像,可以直接pull下来,通过使用上述帖子介绍的方法编辑后变成我分享的这种镜像
https://hub.docker.com/r/cp2k/cp2k/tags
目前2022.1版本刚出不久,暂时还不能pull,只能自己用dockerfile做

*********************2022.11.17更新****************************************
应坛友的需求,先分享目前最新的2022.2版本
我用夸克网盘分享了「cp2k2022.2_avx2.sif」,点击链接即可保存。打开「夸克APP」,无需下载在线播放视频,畅享原画5倍速,支持电视投屏。
链接:https://pan.quark.cn/s/ecb4819b6f27
提取码:ThyJ

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发表于 Post on 2022-7-13 17:14:42 | 显示全部楼层 Show all
请问singlarity里面想调用自定义的 基组和赝势文件 需要如何操作呢?

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发表于 Post on 2022-7-13 19:40:15 | 显示全部楼层 Show all
楼主可否放到阿里云盘一份呢?夸克还得扫描注册才能下载

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发表于 Post on 2022-7-13 20:39:26 | 显示全部楼层 Show all
或者,使用官方源码中的Dockerfile,自己build 一下就有了。
可能需要网络……

有特殊调试和优化的话,需要修改dockerfile 。

楼上也提到了,官方镜像pull一下就有……

一般情况下,比网盘速度快。
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更多讯息,请访问:
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发表于 Post on 2022-7-13 20:39:58 | 显示全部楼层 Show all
neocc 发表于 2022-7-13 17:14
请问singlarity里面想调用自定义的 基组和赝势文件 需要如何操作呢?

CSDN hpc4you 也许那些文字,能给你思路。
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发表于 Post on 2022-7-14 01:30:08 | 显示全部楼层 Show all
neocc 发表于 2022-7-13 17:14
请问singlarity里面想调用自定义的 基组和赝势文件 需要如何操作呢?

将相应的基组、赝势文件与输入文件置于同一目录下,在输入文件的BASIS_SET_FILE_NAME、POTENTIAL_FILE_NAME两个关键词后指定相应的基组、赝势文件的名称即可。输入文件所在的目录是CP2K最优先读取的位置。

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发表于 Post on 2022-7-14 01:30:52 | 显示全部楼层 Show all
ball2006 发表于 2022-7-13 19:40
楼主可否放到阿里云盘一份呢?夸克还得扫描注册才能下载

我已下载楼主好心分享的镜像文件,也有阿里云盘空间可供分享,但需首先征求楼主的意见,不知其是否允准。

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发表于 Post on 2022-7-14 07:46:57 | 显示全部楼层 Show all
夸克网盘挺抠门的,刚注册时大,后来就只给10GB了,因此被我弃了,我现在都用阿里网盘
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的最佳途径。培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-14 09:33:07 | 显示全部楼层 Show all
阿里云盘我也用过,当时只给我100G,我就用给1T的夸克了,没想到夸克现在只给10G。大家如果把镜像转到阿里盘上了也欢迎分享出来。

另外,夸克用微信一扫就可以登录,也挺方便,下载我发的镜像也够了。

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发表于 Post on 2022-7-14 13:06:08 | 显示全部楼层 Show all
djjj148 发表于 2022-7-14 09:33
阿里云盘我也用过,当时只给我100G,我就用给1T的夸克了,没想到夸克现在只给10G。大家如果把镜像转到阿里 ...

多谢楼主慷慨授权!我傍晚时分将其转存至阿里云盘分享出来。
(今天没有能量了,尴尬……只能等明天了……)

另外向您咨询一个问题,我在使用9.1和2022.1版本镜像的时候,每一个离子步前均会出现关于ELPA的报错:
WARNING in fm/cp_fm_elpa.F:521 :: Setting real_kernel for ELPA failed

不知道这是什么层面上的问题、是否影响计算结果和稳定性?(尤其是在使用rVV10_kernel_table.dat进行rVV10校正的时候。)谢谢!

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发表于 Post on 2022-7-14 13:15:06 | 显示全部楼层 Show all
wth1219 发表于 2022-7-14 13:06
多谢楼主慷慨授权!我傍晚时分将其转存至阿里云盘分享出来。
(今天没有能量了,尴尬……只能等明天了… ...

你的机器是 avx512 的吧,仔细看看前面是不是还有个
  1. *** HINT in environment.F:869 :: The compiler target flags (x86_avx2)     ***
  2. *** used to build this binary cannot exploit all extensions of this CPU   ***
  3. *** model (x86_avx512). Consider compiler target flags as part of FCFLAGS ***
  4. *** and CFLAGS (ARCH file).  
复制代码


你可以试试用 http://bbs.keinsci.com/thread-25773-1-1.html 里的沙盒模式重新 make 一次,或许能解决
我还是是习惯编译传统的静态版,使用的方法是把报错的部分注释掉,比如
1)注释掉 src/environment.F 的 867-973 行
  1. #        IF (cpuid_static < cpuid) THEN
  2. #           ! base/machine_cpuid.c relies on the (same) target flags as the Fortran code
  3. #           CALL cp_hint(__LOCATION__, "The compiler target flags ("// &
  4. #                        TRIM(m_cpuid_name(cpuid_static))//") used to build this binary cannot exploit "// &
  5. #                        "all extensions of this CPU model ("//TRIM(m_cpuid_name(cpuid))//"). "// &
  6. #                        "Consider compiler target flags as part of FCFLAGS and CFLAGS (ARCH file).")
  7. #        END IF
复制代码

2)改变 srcfm/cp_fm_elpa.F 的 208-222 行 DEFAULT
  1. CASE DEFAULT
  2. #              elpa_kernel = ELPA_2STAGE_REAL_AVX512_BLOCK4
  3.                 elpa_kernel = ELPA_2STAGE_REAL_AVX2_BLOCK4
  4.             END SELECT
复制代码

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发表于 Post on 2022-7-14 13:20:36 | 显示全部楼层 Show all
highlight 发表于 2022-7-14 13:15
你的机器是 avx512 的吧,仔细看看前面是不是还有个

您好,感谢您的指教!

我查了一下,我用的那台节点的确是avx512的,输出文件中也有您说的那个HINT。学校集群大部分节点是avx2的,就那么几台新的avx512的被我给碰到了,改用avx2的节点就没有那个WARNING了。

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发表于 Post on 2022-7-14 17:38:36 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 wth1219 于 2022-7-14 17:47 编辑

实在抱歉,本想将楼主好心分享在夸克网盘中的镜像文件转存至阿里云盘分享,但操作之后发现无论是原始压缩包还是解压之后的镜像文件均被提示“无法分享”(见下图)、不知何故,还请知道解决方案的师友不吝赐教。谢谢!


不可分享.png

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发表于 Post on 2022-7-14 17:46:21 | 显示全部楼层 Show all
感谢分享,目前在用楼主之前分享的avx512的8.2版本,不知道最新版的速度有提升吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-14 19:08:22 | 显示全部楼层 Show all
waitingseven 发表于 2022-7-14 17:46
感谢分享,目前在用楼主之前分享的avx512的8.2版本,不知道最新版的速度有提升吗

简单且不严谨的测试过,9.1的速度最快

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