用gmx insert-moleculars给含水盒子插入有机分子，发现插入个数与输入个数不符

free3hao

各位大佬，我用Sobtop生成有机分子的gro、itp和top文件，然后用gmx insert-moleculars程序给水盒子插入分子，输入的“-nmol 是203”，但最后插入的才100多个，请问是什么原因啊？另外有机溶液用gmx insert-moleculars将有机分子插入水盒子的方法是不是可行呢？麻烦大佬解答一下哈，谢谢！

q11pet28abl21

盒子太小只能放100多个

sobereva

那叫gmx insert-molecules
注意-replace选项的用法
插入空白区域，和插入时替换原有分子是两回事。并且注意看屏幕上的提示。

free3hao

sobereva 发表于 2022-7-15 22:32
那叫gmx insert-molecules
注意-replace选项的用法
插入空白区域，和插入时替换原有分子是两回事。并且注 ...

谢谢Sobereva老师。