求助：磷脂膜系统平衡问题

wwl · 发表于 Post on 2022-7-17 20:37:50

各位老师好，我最近跑了一个磷脂膜系统（POPC和离子液体），力场都是Amber力场，使用的是genmixmem程序建立的磷脂膜，然后加水平衡了40ns，膜平衡以后，删除掉了水分子，然后使用packmol跑了个离子液体盒子，再用别的软件拼合到磷脂层两边，跑了20ns以后，截取了第10ns的三维截图如下所示：
因为我是第一次跑这种系统，不确定这么做对不对，身边也没有可以请教的人，因此我不确定我这个系统跑的对不对，有没有平衡，请各位老师帮忙看看，非常感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-18 10:27:22

AMBER力场根本就不是描述磷脂的，有Slipid、LIPID等很多兼容AMBER的磷脂力场
离子液体也应当用GAFF而不是AMBER，看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2了解AMBER和GAFF的关系

说清楚每张图是什么，第四张图对应什么。从第三张图来看没什么明显异常

wwl · 发表于 Post on 2022-7-18 11:06:32

sobereva 发表于 2022-7-18 10:27
AMBER力场根本就不是描述磷脂的，有Slipid、LIPID等很多兼容AMBER的磷脂力场
离子液体也应当用GAFF而不是A ...

老师您好，使用AMBER力场的磷脂是因为我看到有一篇论文里使用了AMBER力场的磷脂，我是直接使用了他的力场。离子液体之所以使用的是Amber力场，是因为我用您的sobtop软件获取力场的时候，使用您的方法计算得到的GAFF力场，总会报错；然后直接使用GAFF力场库里匹配的力场也总是报错；后来我用的AMBER力场库里匹配的力场，离子液体的各种参数都能找出来，并且很好的兼容，没有报错，所以我就用了AMBER力场的离子液体。
这四张图，前三张是系统跑了20ns的三维图，第四张图是我建立的模型的初始构造图（因为是想在磷脂层两侧添加离子液体，所以用软件直接将离子液体盒子拼接到磷脂层两侧，最终结构就是那样）。
从跑出来的结构图观察，我看到磷脂层外围分子的结构（第二张图）不太像是平衡的样子，有点散架的感觉，整体上磷脂层有些参差不平的样子，我个人拙见是不是因为初始结构离子层与磷脂层中间有层真空，导致在平衡的时候，对磷脂层产生了不合理的人为因素的影响。
因此我为了消除磷脂层在平衡期间真空带对它的影响，又尝试了将磷脂层施加位置限制以限定它的运动，在mdp文件中写了refcoord-scaling=com，在生成tpr文件的时候并没有出现任何警告提示，但是在跑平衡的时候总会出错终止，报错如下：1 particles communicated to PME rank 5 are more than 2/3 times the cut-off out
of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.
This usually means that your system is not well equilibrated.
以上是我个人的一些不成熟的想法，请您看看是否合理，目前出现了这样的错误，我也不知道该怎么办了，或许只能使用insert-molecules命令在盒子里添加离子对的方式才能实现我的想法了。
非常感谢您的回复，也非常感谢您耐心的看完我的问题，非常感谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-18 11:39:02

不要盲目效仿极个别文献
都专门有用GAFF跑离子液体的文章，并且证明结果理想，比如DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b00689。当前情况没有任何理由用AMBER
"总会报错"这种描述没有任何意义，有报错就根据提示解决报错，而不是用其它的不当方法试图逃避问题。不要用报不报错来说事，这和计算的合理性没有任何必然联系

本来磷脂层表面就不可能那么整齐，磷脂膜类文章看多了、研究经验多了自然就知道。力场合适、模拟设置合适的前提下，跑足够长时间，自然能达到真实情况。

wwl · 发表于 Post on 2022-7-18 12:01:27

sobereva 发表于 2022-7-18 11:39
不要盲目效仿极个别文献
都专门有用GAFF跑离子液体的文章，并且证明结果理想，比如DOI: 10.1021/acs.jpcb. ...

嗯嗯，非常感谢您的回复，给了我很大的帮助，我再重新构建系统，重新跑一次试试。
报错的问题我没有详细描述，很抱歉。报错是指我使用GAFF力场的系统进行能量最小化的时候，总是不收敛，会出现能量在10的7次方这么大的值，我分别将系统拆开，单独的跑这些离子液体，发现确实是那些离子液体的问题，所以我判断应该是力场不合理，除此之外我也想不到别的原因了。我接下来会再次尝试您的方法计算力场，看看有没有什么问题。
老师，我用的那种构建模型的方法是没有太大的问题是吗？目前我准备接着用这种方法构建初始结构模型，进行npt平衡的时候也不准备用限制势了，因为它的报错我实在不知道怎么解决了。
非常感谢您的回复，非常感谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-19 14:09:26

wwl 发表于 2022-7-18 12:01
嗯嗯，非常感谢您的回复，给了我很大的帮助，我再重新构建系统，重新跑一次试试。
报错的问题我没有详细 ...

模型没明显问题

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