求助：amber能量最小化出错

阿志 · 发表于 Post on 2022-7-18 09:42:54

本帖最后由阿志于 2022-7-18 10:44 编辑

各位老师好，我使用Amber对蛋白质配体复合物进行能量最小化，但是不知道哪里出错了？我运行其他体系时，没有报错，有没有可能是我没有对接好，或者是我的受体选择有问题？还是能量最小化参数有问题？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-18 10:08:08

看看out文件里有什么信息。.in没什么必然问题

阿志 · 发表于 Post on 2022-7-18 10:43:34

sobereva 发表于 2022-7-18 10:08
看看out文件里有什么信息。.in没什么必然问题

老师，out文件我传到了问题里面了，我也看了一下，但是好像没有告诉问题有哪些，不过我看 1-4EEL 这项的值到后面逐渐没有了，是我力场有问题吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-18 11:41:15

结合轨迹仔细判断可能原因
1-4 EEL大得异常所以才都显示成星号，可能体系已经崩了

阿志 · 发表于 Post on 2022-7-18 14:49:32

sobereva 发表于 2022-7-18 11:41
结合轨迹仔细判断可能原因
1-4 EEL大得异常所以才都显示成星号，可能体系已经崩了

老师，我是用autodock进行的对接，像这种情况，我是不是应该选择下一个对接构象进行分子动力学模拟？

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-19 14:12:22

阿志发表于 2022-7-18 14:49
老师，我是用autodock进行的对接，像这种情况，我是不是应该选择下一个对接构象进行分子动力学模拟？

跟构象没必然联系

首先确保力场参数、原子电荷等方面合理，从而有正确的描述体系的势函数
其次，肉眼仔细看初始结构，确保没有诡异的地方
再其次，再考虑修改能量极小化算法、改步长上限之类的影响能量极小化过程方面的设置

阿志 · 发表于 Post on 2022-7-19 14:41:27

sobereva 发表于 2022-7-19 14:12
跟构象没必然联系

首先确保力场参数、原子电荷等方面合理，从而有正确的描述体系的势函数

好的老师，我去试试，谢谢老师

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