GROMACS轨迹如何转化为amber轨迹并计算GBSA

不想读啦 · 发表于 Post on 2022-7-18 15:32:26

通过gromacs模拟，我获得了gromacs下的一系列文件，现在我想将这些文件转化为amber格式进行GBSA的运算，首先我已将top文件通过parmed转化为amber形式，轨迹文件试过cpptraj和mdconvert转化（轨迹转换前我先将我的复合物移到了盒子中心）成功，拓扑文件我分别用cpptraj和ante-MMPBSA成功分割（轨迹文件都去除了水和离子）。
但在计算GBSA的最后一步出错，主要表现为用cpptraj分割，会显示我拓扑文件缺乏有效半径，用ante-MMPBSA会显示无法有效识别com.prmtop，请问一下如何解决

frank666 · 发表于 Post on 2022-7-18 17:16:52

我没用过Amber计算GBSA，所以这个报错我给不了你什么建议，但sob社长推介的gmx_MMPBSA计算GBSA也非常好用，支持gromacs的文件格式，其实这个软件计算用的也是ambertool的模块。如果实在解决不了可以试试gmx_MMPBSA

不想读啦 · 发表于 Post on 2022-7-18 19:55:46

frank666 发表于 2022-7-18 17:16
我没用过Amber计算GBSA，所以这个报错我给不了你什么建议，但sob社长推介的gmx_MMPBSA计算GBSA也非常好用， ...

你说的这个模块我试过，我还推荐别人用过，我自己跑上面的例子结果和给出的差不多，但算自己的核算体系结果就不太好了，另外一个朋友在他体系上也试过gmx_MMPBSA，他也说误差较大，所以我觉得用最古老的方法试一试或许可行

frank666 · 发表于 Post on 2022-7-18 21:43:40

关于误差的话，GBSA确实是误差比较大的计算方式，可以改用PBSA的计算方法试一试，反正gmx_MMPBSA也能算

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-19 15:03:52

GB是比PB更粗糙的溶剂模型，具体好坏取决于有效Born半径的计算方法，不同文章有不同的计算方式，而且在不断发展中。不说用的哪种方法，说GB好坏没意义，不同方法结果往往相差悬殊。
但凡能算得动更严格的MMPBSA的时候就没必要用MMGBSA。
MMPBSA还不好的话就用TI/FEP

自己弄成AMBER格式再用AMBER算和直接用gmx_MMPBSA本质上没区别，gmx_MMPBSA直接算的结果如果不理想（而且是计算方式正确的前提下），自己手动鼓捣到AMBER里算也是一样，不要白费功夫。

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