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[Amber] Amber14安装方法

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发表于 2014-11-22 16:48:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
Amber14安装方法

文/Sobereva @北京科音   2014-Nov-22

编译环境:RHEL6U1-64bit, root, bash。硬件:Core 2 Q6600,GTX770。安装到/sob/amber14。用的编译器、MPI库版本在文中都已经注明了,其它软件环境下不保证能按此文方法顺利编译,请根据错误提示自行解决。

Amber越来越多的东西都被挪到免费开源的AmberTools里面了。Amber14只剩PMEMD一个模块了,其它所有模块,包括曾经amber最核心的sander,都已经弄到AmberTools14里了。可以说,光靠AmberTools就已经足够进行动力学模拟了。如果需要更快的速度和GPU加速,才需要花钱买Amber。


====准备工作====

准备好Amber14.tar.bz2,去官网免费下载AmberTools14.tar.bz2。

安装ifort,icc 12.1.0到默认路径(其它版本我没试过)。MKL对性能影响很小,这里不用MKL。

编译openmpi:
http://www.open-mpi.org下载OpenMPI 1.6.5(更新的版本大抵也可以,笔者没测试),解压到/sob目录下,进入其目录,运行
./configure CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort; make all install
此时openmpi的可执行文件、库文件、头文件等就被装到了/usr/local里面的对应目录下。

然后在.bashrc里加上
export AMBERHOME=/sob/amber14
export PATH=$PATH:$AMBERHOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$AMBERHOME/lib

运行bash使环境变量生效。

进入/sob目录,将AmberTools14.tar.bz2在当前目录下解压。将Amber14.tar.bz2也在当前目录下解压,这会合并掉一些目录,覆盖几个文件。然后amber14目录下应该会看到Ambertools、src、benchmarks等目录。

要保持联网畅通,以使得安装程序能自动使用官网上的补丁。

====编译串行版本====

cd /sob/amber14
./configure intel,程序检测到有补丁文件,输入y。

运行make install开始编译,耗时20多分钟。
运行make test进行测试。测试时间相当长,两个小时左右。测试内容包括面向第三方量化程序的QMMM接口,如果机子上有gaussian、orca、terachem等等,在测试过程中都会被调用。笔者这里有11个测试failure,大部分是和orca有关的,这无关紧要。测试结果在/sob/amber14/logs目录下有汇总。


====编译并行版本====

./configure -mpi intel
make install
会在bin目录下生成MMPBSA.py.MPI、pmemd.amoeba.MPI、pmemd.MPI、sander.LES.MPI、sander.MPI等带.MPI后缀的文件。

进行测试,-np后面是测试时用的核数。
export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"
make test
一般的四核机子应该大概在半个小时内完成。笔者458个测试悉数通过。

编译OpenMP并行版NAB和Cpptraj
./configure -openmp intel
make openmp
编译出来的名字和串行版本一样仍叫nab和cpptraj。


====编译GPU版PMEMD====

先去nVidia网站下载并安装CUDA toolkit到默认路径,笔者用的是5.5。然后在.bashrc里加入
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-5.5
export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUDA_HOME/lib64
运行bash使之生效

cd /sob/amber14
./configure -cuda intel
make install
./configure -cuda -mpi intel
make install
很快就编译完了,bin目录下产生了pmemd.cuda和pmemd.cuda.MPI。这是默认的SPFP版本,是精度和速度的最佳平衡。还有种DPFP版本,把-cuda改为-cuda_DPFP就可以编译,精度更高但计算消耗也明显更高,一般没必要。

测试串行版GPU版
make test.cuda
测试并行版GPU版
export DO_PARALLEL="mpirun -np 4"
make test.cuda_parallel

笔者这里提示的Possible failure竟接近半数。原因大抵是GPU跑动力学的重现性本来就比CPU跑更低,所以和参考值偏差容易较明显,但这也不能说当前设备跑的结果不合理,只不过是探索相空间的不同区域罢了。




附之前版本的编译方法:
Amber11+AmberTools1.5及CUDA版安装方法,以及Amber12安装方法
http://sobereva.com/103
Amber10安装方法
http://sobereva.com/3

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发表于 2014-11-24 13:59:08 | 显示全部楼层
太好了,有时间装个试试,之前一直是用NAMD

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发表于 2014-11-25 08:54:00 | 显示全部楼层
不知何时能见到传说中的amber14

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发表于 2015-1-3 19:32:40 | 显示全部楼层
Sob老师我想问一下,如果我只用Amber做一些小分子的力场参数,是不是可以只安装Ambertools ,不安装Amber .这样可以吗?

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 楼主| 发表于 2015-1-3 20:32:18 | 显示全部楼层
ruanyang 发表于 2015-1-3 19:32
Sob老师我想问一下,如果我只用Amber做一些小分子的力场参数,是不是可以只安装Ambertools ,不安装Amber . ...

可以。
实际上,ambertools已经包含了当初amber绝大部分功能了,就连曾经动力学模拟的核心程序sander都包含进去了,可以说amber14反倒是“可有可无”了
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发表于 2015-1-3 20:56:12 | 显示全部楼层
好的Sob老师,谢谢!

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发表于 2015-1-23 23:25:01 | 显示全部楼层
Sob前辈,您好!

非常谢谢您分享Amber的安装经验 !

我有一个小问题,请您看一下。
在编译openmpi的时候,您用了icc和ifort, 在您以前的博客中看到下边的信息:Install intel compilers (The advantage in speed is huge relative to GNU compilers).

我在amber的manual和其它地方没有搜到相关的信息(也就是icc比gnu快的信息。)

请问我可不可以用gnu编译,而不是用icc?

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 楼主| 发表于 2015-1-23 23:55:33 | 显示全部楼层
肖富贵 发表于 2015-1-23 23:25
Sob前辈,您好!

非常谢谢您分享Amber的安装经验 !


amber的计算量大的代码都是基于fortran的,c编译器实际上用什么无所谓,不影响速度,关键是ifort比gfortran强多了。amber在configure的时候,选了intel,则c编译器也自动用icc了。你也可以尝试手动把config.h里的编译器替换成gcc,而fortran部分还是ifort。
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发表于 2015-1-24 00:07:56 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2015-1-23 23:55
amber的计算量大的代码都是基于fortran的,c编译器实际上用什么无所谓,不影响速度,关键是ifort比gfor ...

多谢Sob前辈指点!

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发表于 2015-1-27 09:36:28 | 显示全部楼层
本帖最后由 lao7 于 2015-1-27 09:45 编辑


谢谢,找到了!

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发表于 2015-1-27 11:24:47 | 显示全部楼层
如何安装 安装ifort,icc 12.1.0到默认路径(其它版本我没试过)。centos通过 yum在线安装?试了几个关键词都不行。
   我电脑上已经安装了openmpi,运行orca用的

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 楼主| 发表于 2015-1-27 11:39:11 | 显示全部楼层
lao7 发表于 2015-1-27 11:24
如何安装 安装ifort,icc 12.1.0到默认路径(其它版本我没试过)。centos通过 yum在线安装?试了几个关键词 ...

下载ifort包,http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &extra=page%3D1,解压之后有个安装脚本,运行之,按提示操作即可。
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发表于 2015-1-27 12:56:44 | 显示全部楼层
谢谢 学学安装一下哈

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发表于 2015-3-13 10:20:09 | 显示全部楼层
谢谢Sob老师!

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发表于 2015-3-16 08:34:15 | 显示全部楼层
谢谢
真诚相待,淡淡相处,方天久地长^^
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