求助：利用pdb2gmx生成蛋白质的输入文件时出现错误

xjw

各位老师好，我利用gmx pdb2gmx生成一个蛋白质的输入文件时出现图下错误，请问这个是因为什么啊？
所用的pdb文件如下

Frozen-Penguin

如错误提示所说，在力场文件的residuetype.dat中把PTR的类型设置成蛋白质，能这样操作的前提的力场使用正确。

xjw

Frozen-Penguin 发表于 2022-7-22 12:30
如错误提示所说，在力场文件的residuetype.dat中把PTR的类型设置成蛋白质，能这样操作的前提的力场使用正确 ...

感谢您的回复，这段时间一直没时间弄，现在才回复您，我用的是charmm36的力场，但是在力场文件中并没有找到您说的resduetype.dat文件啊

Frozen-Penguin

xjw 发表于 2022-8-3 18:19
感谢您的回复，这段时间一直没时间弄，现在才回复您，我用的是charmm36的力场，但是在力场文件中并没有找 ...

residuetypes.dat在top目录下

xjw

xjw 发表于 2022-8-3 18:19
感谢您的回复，这段时间一直没时间弄，现在才回复您，我用的是charmm36的力场，但是在力场文件中并没有找 ...

找到了，我在residuetypes.dat里面添加了。但是后面有显示下图的错误，您知道是因为什么吗？

Frozen-Penguin

xjw 发表于 2022-8-3 19:02
找到了，我在residuetypes.dat里面添加了。但是后面有显示下图的错误，您知道是因为什么吗？

甘氨酸(GLY)的侧链只有一个H原子，不应该有CB，所有出现了这个错误，检查力场文件，看看有没有问题。

xjw

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-3 20:07
甘氨酸(GLY)的侧链只有一个H原子，不应该有CB，所有出现了这个错误，检查力场文件，看看有没有问题。

这个是力场的问题吗？

Frozen-Penguin

xjw 发表于 2022-8-3 21:03
这个是力场的问题吗？

我猜测是力场的问题。
我用你的pdb文件可以成功运行pdb2gmx，用的是charmm36力场，因为我没有PTR的参数，所以把PTR改成了PHE做测试，结果是没有问题的。
你运行时出现的错误信息说残基GLY中应该有CB原子而在pdb中没有找到，但是实际上GLY没有CB原子，所以应该是力场关于GLY的设置有问题，检查力场目录下所有rtp文件中关于GLY的设置。
一般情况下力场文件是不会出现这种问题的，所以你用的力场文件可能被修改过，可以考虑重新下载力场文件并且把PTR的参数整合进去。

xjw

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-3 23:35
我猜测是力场的问题。
我用你的pdb文件可以成功运行pdb2gmx，用的是charmm36力场，因为我没有PTR的参数 ...

您好，我看了我的力场文件，里面的GLY里面没有CB这个啊，所以也很迷惑。
您说的成功了是成功生成了top文件吗？

xjw

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-3 23:35
我猜测是力场的问题。
我用你的pdb文件可以成功运行pdb2gmx，用的是charmm36力场，因为我没有PTR的参数 ...

您charmm36的力场可以给我一下吗，我在cgenff下载的也会报错

Frozen-Penguin

xjw 发表于 2022-8-4 10:51
您charmm36的力场可以给我一下吗，我在cgenff下载的也会报错

我仔细看了一下，这个错误不是由于rtp文件对GLY的定义错误，而是因为有一个GLY在C端，所以要补上末端的羧基，要加一个氧原子，加这个原子依据的是tdb文件，这个文件里面要求残基中有CB，解决方法可以参考charmm27力场，把aminoacids.c.tdb中的CB改成N。