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[综合交流] 求助:固态有机分子掺杂体系中体系怎么建立较合理?再用高斯优化后的结构为啥呈弧形?

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本帖最后由 王光明 于 2022-7-27 21:24 编辑

各位老师好,我想构建A:B=1:100的固态有机分子掺杂体系,要求是将A放在中心。
目前我看到的两种方法分别是:
1.用packmol将A和B分子放在盒子里,并将A固定在中心。但是我用这个建立的体系,在高斯中用 ONIOM model,将A设为高层,选择# opt oniom(M062X/DEF2svp:UFF) geom=connectivity进行结构优化。问题是优化后的联苯结构,两个苯环平面呈现弧状,看着有些不合理,结果见图1。是存在什么问题呢?这种优化方式合理吗
2.我看文献有通过在B的supercell中心的两个B分子用A来替换,如图2,我想请教一下,这种替换怎么能实现呢?

202207271100343801..png (169.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

图2

图2

202207271059304966..jpg (161.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

图1

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