关于gromacs的MPI并行运算问题

compume · 发表于 Post on 2016-4-26 10:14:53

如图片所述，它提示fatal error是
your choice of 1 MPI rank and the use of 20 total threads leads to the use of 20 OPENMP threads,
whereas we expect the optimum to be wtih more MPI ranks with 1 to 6 OPENMP threads

为什么要more MPI ranks？
这个MPI rank 和OPENMP thread是什么？有什么关系？

以及我应该怎么修改？

sobereva · 发表于 Post on 2016-4-26 10:21:16

gromacs可以MPI和openmp混合方式并行。它的意思大抵是让你用多个MPI进程，每个进程用较少数目的openmp线程来达到最佳并行效果。不过你可以直接-ntomp就用20 openmp线程跑，如果速度还行就不用管这提示了。

compume · 发表于 Post on 2016-4-26 11:28:56

sobereva 发表于 2016-4-26 10:21
gromacs可以MPI和openmp混合方式并行。它的意思大抵是让你用多个MPI进程，每个进程用较少数目的openmp线程 ...

get it ! thx

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