求助：gromacs怎么确定bonded potential加在哪些原子之间

blackeagle

gromacs在top文件中指定 原子/分子类型，然后给定相应nonbonded/bonded参数。gromacs怎么知道哪些原子之间成键？
比如我模拟只有两个水分子的系统

水的gro文件：
2 TIP4P Water
  8
    1SOL     OW    1   1.736   0.839   0.257 -0.0525 -0.0128  0.1333
    1SOL    HW1    2   1.777   0.781   0.322  0.3406  0.5030  0.3534
    1SOL    HW2    3   1.643   0.831   0.274  0.0528  0.2742  0.9186
    1SOL     MW    4   1.730   0.831   0.267  0.3505  0.3106  0.0246
    2SOL     OW    5   1.602   0.771   1.252  0.7281 -0.0881 -0.1012
    2SOL    HW1    6   1.557   0.838   1.303 -1.2543  0.2688 -2.1750
    2SOL    HW2    7   1.690   0.807   1.238  0.9846  0.2670  2.0398
    2SOL     MW    8   1.608   0.784   1.256  0.6107 -0.0439 -0.6354

.....

top文件：

#include "amber03w.ff/forcefield.itp"
#include "amber03w.ff/tip4p2003f.itp"
[ system ]
flexible tip4p2003 water
[ molecules ]
SOL   2


其中tip4p2003f.itp相关部分：
[ moleculetype ]
; molname        nrexcl
SOL                2

[ atoms ]
;         at type              res nr  res name        at name              cg nr        charge           mass
1   OW_tip4p2003f         1        SOL         OW                1        0        16.00000
2        HW               1        SOL        HW2                1        0.5564           1.00800
3        HW                1        SOL        HW3                1        0.5564           1.00800
4        MW                    1        SOL        MW4                1      -1.1128    0.00000

#ifndef FLEXIBLE
[ settles ]
; i        funct        doh        dhh ---> same as standard tip4p
;1        1        0.09572        0.15139
1       1       0.09347    0.15260
#else
[ bonds ]
; i        j        funct        b0(nm)            D(kJ/mol)   alpha/beta(1/nm)  -- OH
1        2        3            0.09347         426.216     25.67
1        3        3            0.09347         426.216     25.67
.....
#endif
.....



上面bonds对应的两个Morse势是加在 OW-HW1 和 OW-HW2之间。
正常来说对于第一个水分子有两个键，原子序号 1-2， 1-3；对第二个水分子也是两个, 5-6, 5-7

在NAMD中每一对键都是通过psf文件显性的给出来的，我的问题是：仅从输入文件判断，gromacs怎么知道哪两个成键？或者说怎么判断避免在1-6， 1-7等之间也计算键能呢？
或者它是利用了residue ID来分开不同的水分子？或者是利用的OW HW1 HW2 MW的这个顺序来判断？

sobereva

这个[bonds]是对于单个水分子的[moleculetype]来定义的（前者在后者的后面），显然此处的[bonds]设的是每个水分子内部的成键情况

blackeagle

谢谢社长的回复！现在，我理解了bonds对应分子内部的键。
另外，水分子的itp文件只定义了一个水分子，gro文件有两个水分子时，系统是怎么识别出这对应两个水分子，是按itp对应的顺序去解读gro文件吗？
衍生的问题是，我有一个gro文件，里面有需要自己定义的分子，那么定义该分子的时候，[ atoms ]对应的原子顺序是不是一定要和gro里面的顺序一致？
这可能是个傻问题，还望见谅。再次感谢

Frozen-Penguin

blackeagle 发表于 2022-8-1 12:59
谢谢社长的回复！现在，我理解了bonds对应分子内部的键。
另外，水分子的itp文件只定义了一个水分子，gro ...

top文件的最后一栏就是每个分子的个数，左边是分子名称，右边是个数，分子的名称在itp文件里面有，例如top文件里面写了10个SOL，就要找到含有SOL信息的itp文件，这样就知道了每个SOL有多少原子，然后就可以知道gro里面哪些原子属于这10个SOL。
另外根据top文件的语法，这些内容可以全部写在top里面，不过gromacs生成的文件一般是分成top和itp文件的。

blackeagle

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-1 13:31
top文件的最后一栏就是每个分子的个数，左边是分子名称，右边是个数，分子的名称在itp文件里面有，例如to ...

通透，谢谢，谢谢