求助，关于gromacs的top转prmtop的问题

Arimakousei · 发表于 Post on 2022-8-2 11:30:54

我在使用parmed进行gromacs-amber的拓扑文件转化时，碰到了这样的问题，请问是软件的问题吗还是我输入文件的问题，模拟时蛋白使用的是Amber99力场，配体是GAFF力场

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-8-2 12:07:19

上面的警告信息已经说了，parmed在conda虚拟环境下运行，而这个虚拟环境未激活，所以有些文件可能找不到。如果你的parmed是安装Amber时自带的，那么激活虚拟环境可能不是很方便，可以考虑用parmed的命令行，直接输入parmed就可以进入parmed的命令行，然后用gromber和parmout以及go三个命令可以完成转换，具体用法可以通过help+命令查看

Arimakousei · 发表于 Post on 2022-8-2 15:40:32

感谢解答，我进入parmed命令行以后用gromber指令还是出现了类似的问题，请问是我这边的文件缺失吗，还是软件的问题

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-8-2 17:26:57

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-8-2 17:35 编辑

Arimakousei 发表于 2022-8-2 15:40
感谢解答，我进入parmed命令行以后用gromber指令还是出现了类似的问题，请问是我这边的文件缺失吗，还是软 ...

先确认gromacs的安装目录是不是/usr/local/gromacs。然后去gromacs的力场目录(/usr/local/gromacs/share/gromacs/top)看看有没有amber99sb-ildn的力场文件，如果没有，可以下载gromacs的安装包，解压以后在share/top目录下面有各种力场，复制到安装目录下应该就可以了，不过一般是不会缺amber99sb-ildn力场的，所以可能有其他原因。如果你的gromacs是用apt命令安装的，安装目录可能不是默认的，力场的目录可能是这个/usr/share/gromacs/top，设置export GMXLIB=/usr/share/gromacs/top，就能找到力场文件。

Arimakousei · 发表于 Post on 2022-8-3 00:08:00

Frozen-Penguin 发表于 2022-8-2 17:26
先确认gromacs的安装目录是不是/usr/local/gromacs。然后去gromacs的力场目录(/usr/local/gromacs/share/ ...

我把gromacs相关的力场文件复制到parmed的执行路径就搞定了，感谢您的解答

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