[GROMACS] MMPBSA方法用于膜蛋白体系计算中如何获取mthick和mctrdz两个参数

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Hannah_Zhu

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发表于 Post on 2022-8-3 21:53:58 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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各位老师好：我想用MMPBSA的方法计算膜蛋白和配体多肽的ddG。想问一下，PB参数卡中的mthick（膜厚度）和mctrdz（absolute membrane center in the z-direction）两个参数要如何确定呢？
还有就是，用MMPBSA和MMGBSA计算受体-配体的ddG，所提取的轨迹中的水、离子和膜脂分子是否需要remove？

非常感谢！

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