使用QEtoolkit便利地创建QE的各种输入文件

tianmafei

请问各位老师，我想做一个MOF的晶胞自洽计算和能带计算，输入cif文件后，得到了下面的信息，这是何故？
Load a file that can be parsed by Multiwfn, e.g. .cif and .gjf format.
UiO66.cif
Now cell Informations is parsed by Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)....

grep: UiO66_QE.tmp: No such file or directory
grep: UiO66_QE.tmp: No such file or directory
grep: UiO66_QE.tmp: No such file or directory
grep: UiO66_QE.tmp: No such file or directory
./QEtoolkit-2.sh: line 181: ((: i<=: syntax error: operand expected (error token is "<=")
0) Generate input file now
1) Set system type, current: Insulator
2) Choose the run task, current: energy
3) Choose the theoretical method, current: PBE
4) Set dispersion correction, current: None
5) Set surface dipole correction, current: None
6) Define atomic magnetization
7) Toggle using DFT+U, current: No
8) Set kpoint mesh, current: 2*2*1
9) Set the number of bands, current: Default
10) Choose the pseudopotential library, current: PBE-GBRV
11) Return

丁越

tianmafei 发表于 2022-9-2 17:54
请问各位老师，我想做一个MOF的晶胞自洽计算和能带计算，输入cif文件后，得到了下面的信息，这是何故？
Lo ...

确保你的cif文件是在当前目录下

tianmafei

丁越 发表于 2022-9-2 18:11
确保你的cif文件是在当前目录下

谢谢老师！cif文件在当前目录下。我找到原因了，cif文件中有少数的原子占有率不是100%，Multiwfn会询问是否录入，得按回车键后才能选择100选项。我把cif文件中的占有率改为100%后，QEtoolkit在调用Multiwfn时就可以输入cif文件后直接选择100选项，后面都正常了。

WilliamH

waitingseven 发表于 2022-8-8 20:28
多谢开发和分享，我想问一下，QE里的SSSP赝势怎么样，后续会支持吗

可以参考一下这个网站：Comparing Solid State DFT Codes, Basis Sets and Potentials（https://molmod.ugent.be/deltacodesdft）

思辰

各位老师，我用dos2unix QEtoolkit-2.sh命令将丁老师的脚本转化后在centos系统里运行，出现下面报错
./QEtoolkit-2.sh: line 1667: syntax error near unexpected token `newline'
./QEtoolkit-2.sh: line 1667: `done'

请教下这个问题要怎么解决？附录是转化后的脚本

adong

思辰 发表于 2022-10-18 09:02
各位老师，我用dos2unix QEtoolkit-2.sh命令将丁老师的脚本转化后在centos系统里运行，出现下面报错
./QEt ...

请问您这个问题解决了吗？同样是在centos系统中使用dos2unix后出现了这个报错

fakepanda

tianmafei 发表于 2022-9-2 18:29
谢谢老师！cif文件在当前目录下。我找到原因了，cif文件中有少数的原子占有率不是100%，Multiwfn会询问是 ...

您好，我也遇到了这个问题，请问是如何调整的原子占有率呢？

tianmafei

fakepanda 发表于 2022-11-19 22:10
您好，我也遇到了这个问题，请问是如何调整的原子占有率呢？

直接在cif文件中把某个原子的占有率改为1，再用QEtoolkit-2.sh读入cif文件即可。

fakepanda

tianmafei 发表于 2022-11-20 09:41
直接在cif文件中把某个原子的占有率改为1，再用QEtoolkit-2.sh读入cif文件即可。

谢谢您的回复。

思辰

adong 发表于 2022-11-19 13:04
请问您这个问题解决了吗？同样是在centos系统中使用dos2unix后出现了这个报错

作者说是centos版本问题，没有解决

丁越

思辰 发表于 2022-10-18 09:02
各位老师，我用dos2unix QEtoolkit-2.sh命令将丁老师的脚本转化后在centos系统里运行，出现下面报错
./QEt ...

把1667行附近的那几行代码注释了，我抽空再看看是哪的问题。

hzliew

好东西，收藏了

qzm

感谢分享

qzm

使用此脚本 需要先安装Multiwfn 才能调用

小白安装-无root权限 安装Multiwfn  noGUI版本到服务器
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=26067
(出处: 计算化学公社)

安装完Multiwfn 后，只需要把脚本上传到服务器上与.cif文件放在一个文件夹中，授权后直接使用

qzm

丁老师，我运行时又发现个问题，使用Ms软件搭建好结构输出1.cif 文件
服务器使用 qekitQEtoolkit-2.sh  1.cif 命令
操作后报错
Now cell Informations is parsed by Multiwfn (http://sobereva.com/multiwfn)....

grep: si_QE.tmp: 没有那个文件或目录
grep: si_QE.tmp: 没有那个文件或目录
grep: si_QE.tmp: 没有那个文件或目录
grep: si_QE.tmp: 没有那个文件或目录
/public/home/lxf/bin/qekit2.sh:行181: ((: i<=: 语法错误: 期待操作数 （错误符号是 "<="）


这时说明首先我要用 Multiwfn 先对cif 文件做修改 然后才能用这个脚本吗？