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[新手求助] 求助:使用Dmol3进行IRC计算

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请问各位老师:我已经使用dmol3完成了过渡态的搜寻,现在需要再使用dmol3计算IRC,因为基组不同所以暂时不用Gaussian跑,但是我在网上没找到dmol3计算IRC的教程,所以如果老师有相关的教程麻烦您分享一下,或者您简单指导一下如何操作,万分感谢!

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发表于 Post on 2022-8-25 14:05:15 | 只看该作者 Only view this author
通过改基团坐标的方法可以近似实现IRC扫描吧,柔性就不好整了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-25 14:17:58 | 只看该作者 Only view this author
Eudaimonia 发表于 2022-8-25 14:05
通过改基团坐标的方法可以近似实现IRC扫描吧,柔性就不好整了

谢谢老师的回复。我查到用TS Confirmtion可以进行IRC的计算,但是我直接用计算出来的TSSearch.xsd计算的话会提示没有轨迹文件,必须要用计算过渡态之前的reaction-production.xtd才能运行 。请问这样会对最终结果造成影响吗?

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发表于 Post on 2022-8-26 14:06:40 | 只看该作者 Only view this author
Dmol3比Gaussian差太远了,强烈不建议用Dmol3算分子体系
仔细阅读下文,会令你放弃用Dmol3的想法
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
http://sobereva.com/508
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-26 19:52:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-26 14:06
Dmol3比Gaussian差太远了,强烈不建议用Dmol3算分子体系
仔细阅读下文,会令你放弃用Dmol3的想法
为什么 ...

谢谢sob老师的回复。我之前是用gaussian做的优化和过渡态搜寻,但是因为因为搜寻过程始终不能收敛,所以我导师建议我先用dmol3跑一下能收敛了之后得到过渡态结构,再去Gaussian用qst3跑。

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发表于 Post on 2022-8-26 22:24:36 | 只看该作者 Only view this author
lomon 发表于 2022-8-26 12:52
谢谢sob老师的回复。我之前是用gaussian做的优化和过渡态搜寻,但是因为因为搜寻过程始终不能收敛,所以 ...

那不需要用dmol3跑IRC,dmol3跑出过渡态结构以后给高斯优化完,在高斯里跑IRC就行了。
另外如果用其他程序收敛好了过渡态结构做初猜,一般初猜结构质量都很好,就不需要用QST3了,直接opt=ts就行了。
此外我比较怀疑dmol3收敛概率真的比高斯高吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-8-27 11:09:16 | 只看该作者 Only view this author
lomon 发表于 2022-8-26 19:52
谢谢sob老师的回复。我之前是用gaussian做的优化和过渡态搜寻,但是因为因为搜寻过程始终不能收敛,所以 ...

不可能存在Gaussian找不到过渡态但用Dmol3才能找到的情况,除非对Gaussian的过渡态搜索的基本使用都不了解
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-30 10:32:55 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-26 22:24
那不需要用dmol3跑IRC,dmol3跑出过渡态结构以后给高斯优化完,在高斯里跑IRC就行了。
另外如果用其他程 ...

谢谢老师的回复。目前我是把dmol3的结构输出到高斯优化了。需要做qst3是因为我是要做吸附解离的,因为反应物和生成物的结构不同所以需要用qst3.从我跑的过程来看,我认为高斯的收敛标准是比dmol3高的,哪怕放宽了收敛限,如果初猜结构不合理也不容易收敛,dmol3相对好一点,跑的时候只要在合理的范围内都能收敛,并且输出的结果放到高斯里也能比较好地得到结果,所以我觉得dmol3可以作为跑高斯之前的预处理。

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发表于 Post on 2022-8-30 15:43:50 | 只看该作者 Only view this author
lomon 发表于 2022-8-30 03:32
谢谢老师的回复。目前我是把dmol3的结构输出到高斯优化了。需要做qst3是因为我是要做吸附解离的,因为反 ...

没有“因为反应物和生成物的结构不同所以需要用qst3”这个说法,这个逻辑关系不成立
仔细看http://sobereva.com/460了解QST3和其他找过渡态方法的区别,以及为什么即便反应物和生成物的结构不同也可以不用QST3
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-31 09:51:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-30 15:43
没有“因为反应物和生成物的结构不同所以需要用qst3”这个说法,这个逻辑关系不成立
仔细看http://sober ...

收到,谢谢老师

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