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[CASTEP/Dmol3/MS] AMD77532+Fedora34 编译Castep_19.11

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发表于 Post on 2022-9-2 15:03:30 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
因为课题组申请了CASTEP的学术版,所以我折腾了一下安装在自己的个人电脑上面。因为是AMD-zen3的cpu所以用起Intel的mkl感觉不是很方便,就琢磨了一下用openblas的数学库。同时,因为系统是Fedora34自带的gcc-11.3.1版本太高了,编译过程中很多错误,所以采用conda环境安装gcc9,然后试了下只有castep_19.11可以成功编译,其他高版本的不行。现在分享一下我的编译步骤。
note:1)先安装gcc,然后是openmpi,2)如果编译fftw的过程中报错找不到xxx-xxx-gcc什么的,可以在~/anaconda3/envs/xxcastepxx/bin下面用ln -s软连接建立缺失的文件xxx-xxx-gcc. 3)最后我编译完的castep,用mpirun -np 20/30都不好使,会中间突然暂停,找到的原因是可能没有正确编译出并行版本,因为我不管mpirun多少个核,都是全核(32核)计算。所以用不用mpirun命令都可以。

CPU: AMD-7532(zen3); Operation System: Fedora34

compilation env: gcc-9.5.0, make-4.2.1, fftw-3.3.6, openblas-0.3.12, Castep-19.11

1) install anaconda3 (e.g., Anaconda3-2022.05-Linux-x86_64.sh)
2) create an environment in anaconda3: "conda create -n xxnamexx(e.g., castep) python=3" (install python3 as well)
3) add channel (conda-forge): "conda config --add channels conda-forge"
4) install gcc and g++: "conda install -c conda-forge cxx-compiler=1.3.0", then the gcc-9.5.0 and g++-9.5.0 are installed, run "conda list" to have a check.
5) install gfortran: "conda install -c conda-forge fortran-compiler", then we have gfortran-9.5.0, use "gfortran --version" to check if gfortran was installed successfully.
6) install make: "conda install -c conda-forge make=4.2.1", the you have make-4.2.1, use "make --version" to have a check.
7) install openmpi: "conda install -c conda-forge openmpi=4.0.2", use the "mpirun --version" to check if mpirun was installed successfully.
8) donwload (fftw-3.3.6-pl2.tar.gz), "./configure CC=gcc F77=gfortran MPICC=mpicc --prefix=/where/is/your/lib/path --enable-mpi", then "make && make install", then you can find libs in /where/is/your/lib/path
9) donwload (OpenBLAS-0.3.12.tar.gz, https://github.com/xianyi/OpenBLAS/releases?page=1), "make -j2", then "make PREFIX=/where/is/your/lib/path install", the you can find libs in /where/is/your/lib/path
10) download (CASTEP-19.11.tar.gz) if you have a license. "cd CASTEP-19.11", then "make MATHLIBS=openblas FFT=fftw3 COMMS_ARCH=mpi SUBARCH=mpi", meanwhile you need to specify the path where is the libs of openblas and fftw3, then it will automatically compile everything. After that, run "make MATHLIBS=openblas FFT=fftw3 COMMS_ARCH=mpi SUBARCH=mpi install install-tools" to install everything and you can find a path "bin/linux_xxxx--mpi" where every executable file was stored. Finally, run "make MATHLIBS=openblas FFT=fftw3 COMMS_ARCH=mpi SUBARCH=mpi check" to run an automatical default check by castep. If no error reported, you got an excellent castep.

references: https://blog.csdn.net/weixin_39943000/article/details/112374817, https://sulis-hpc.github.io/appnotes/castep.html#compilation, http://hmli.ustc.edu.cn/doc/app/wien2k17u1.htm


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-2 15:13:01 | 显示全部楼层 Show all
欢迎大家指出问题,或者告诉我为啥我编译的castep没法并行计算,比如只用5/10/20核计算,只能全部核跑满。。。

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发表于 Post on 2022-9-2 15:17:14 | 显示全部楼层 Show all
houziyy 发表于 2022-9-2 15:13
欢迎大家指出问题,或者告诉我为啥我编译的castep没法并行计算,比如只用5/10/20核计算,只能全部核跑满。 ...
为啥我编译的castep没法并行计算,比如只用5/10/20核计算,只能全部核跑满


这句话到底啥意思啊?

另, 么有你提到的源码, 无法测试和评价.
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-17 20:02:48 | 显示全部楼层 Show all
abin 发表于 2022-9-2 15:17
这句话到底啥意思啊?

另, 么有你提到的源码, 无法测试和评价.

你好,其实就是,用mpirun -np xx, 不管我设置xx=5/10/20,还是多少,都是全核运行,没有像vasp那样可以指定xx个core。比如,我的7532有32core,我可以同时提交3次,3x10core跑三个vasp任务。但是我编译出来的这个castep,一运行就是32核跑满,没法同时添加另外一个castep任务。我怀疑是openmpi编译的问题。但是没找到解决方案。以上就是我的问题。如果你能给点思路的话,非常感谢!

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发表于 Post on 2022-12-17 20:17:50 | 显示全部楼层 Show all
Castep
我记忆不错的话,
不用你编译吧?

这东西是封装好的基于intel mpi 的东西,
你用mpirun要啥呀?

手册应该有告诉你怎么使用呀……
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发表于 Post on 2023-1-11 12:34:44 | 显示全部楼层 Show all
abin 发表于 2022-12-17 20:17
Castep
我记忆不错的话,
不用你编译吧?

他说的是CASTEP学术版,估计只有一个CASTEP的功能,应该不是常见的Materials Studio 的Linux安装版

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