做AIMD底物分子的初始相对位置和结构选择的问题

wwp · 发表于 Post on 2022-9-11 13:22:01

各位老师好，

我在看社长的文章《使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子》，在初始的氨气分子中的氮原子和水分子上的氢相对位置的选择上是不是需要靠得相对近一些？如果太远的话，我感觉这整个质子转移的发生过程可能需要很久的模拟时间才能实现，甚至于可能都观察不到质子的转移（距离太远的话）。而且如果距离太远的话，像这种孤立体系的话，两个分子之间是不是会一直远离？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-11 15:12:38

你是实际跑过了发现质子确实转移不了，还是只是理论推测如此？
这个体系[Al(OH2)6]3+带电荷很多，而NH3又有比较大的偶极矩，所以两者之间有很强的吸引作用，并不像两个普通分子放在一起那样容易远离

chands · 发表于 Post on 2022-9-11 15:20:00

不会一直远离，可能要久一点。还有如果初速度较大可能远离一阵，你的热浴温度有没有升得太快？

wwp · 发表于 Post on 2022-9-11 15:50:25

chands 发表于 2022-9-11 15:20
不会一直远离，可能要久一点。还有如果初速度较大可能远离一阵，你的热浴温度有没有升得太快？

我只是猜想一下，感觉可能会远离

wwp · 发表于 Post on 2022-9-11 15:55:09

wzkchem5 发表于 2022-9-11 15:12
你是实际跑过了发现质子确实转移不了，还是只是理论推测如此？
这个体系[Al(OH2)6]3+带电荷很多，而NH3又 ...

我在做自己的体系（也是一个质子转移的过程）的时候，就是发现如果两个分子初始位置相距远一点，AIMD的模拟基本就观察不到两个相互靠近发生质子转移，就只有相互远离。所以在考虑这种模拟的时候初始位置的选择是不是也十分重要。

或者在我的体系中是不是通过增加一个正交的限制势，然后增加模拟的时间，也能观察质子转移的过程？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-11 16:56:54

wwp 发表于 2022-9-11 08:55
我在做自己的体系（也是一个质子转移的过程）的时候，就是发现如果两个分子初始位置相距远一点，AIMD的模 ...

是不是因为你的体系里面质子给体不带电荷，或者带电荷不多？
一般情况下建议加限制势，不过如果要定量计算反应速率的话，得注意限制势对反应速率的影响

wwp · 发表于 Post on 2022-9-11 18:52:45

本帖最后由 wwp 于 2022-9-11 18:58 编辑

wzkchem5 发表于 2022-9-11 16:56
是不是因为你的体系里面质子给体不带电荷，或者带电荷不多？
一般情况下建议加限制势，不过如果要定量计 ...

对的，质子给体是中性的。我不用计算反应速率，应该不用考虑这个。谢谢老师

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2023-10-22 13:55:19

wzkchem5 发表于 2022-9-11 16:56
是不是因为你的体系里面质子给体不带电荷，或者带电荷不多？
一般情况下建议加限制势，不过如果要定量计 ...

王老师，请问这个限制势ORCA里好加吗？我的两个中性的也老是跑开。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-10-22 16:22:34

量化小菜鸡发表于 2023-10-22 06:55
王老师，请问这个限制势ORCA里好加吗？我的两个中性的也老是跑开。

在%md里面加cell关键字，具体看说明书

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2023-10-22 16:45:53

wzkchem5 发表于 2023-10-22 16:22
在%md里面加cell关键字，具体看说明书

好的，谢谢王老师。

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[ORCA] 做AIMD底物分子的初始相对位置和结构选择的问题