计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VMD] 在VMD中使用GaussView的元素着色的方法

[复制链接 Copy URL]

172

帖子

0

威望

3441

eV
积分
3613

Level 5 (御坂)

16#
发表于 Post on 2025-11-24 09:30:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-24 02:40
不用gro就完了
下文明确说了什么文件明确记录了元素信息
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的 ...

是的,谢谢社长提醒。之前没有仔细看博文的内容,gro里面写的不是元素信息。
Graphics - Representation里把Coloring Method设为Element,而且对应元素信息的文件格式,缺一不可

1

帖子

0

威望

67

eV
积分
68

Level 2 能力者

17#
发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
社长好,在使用上述颜色配置文件后,save visualization state时遇到报错colorinfo: category: couldn't find category element。请问可能是由什么原因导致的呢?
补充:检查xyz文件内含有H, C, N, O, Na, Cl, S, Cd元素,文件内容和格式正常。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125115

管理员

公社社长

18#
 楼主 Author| 发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
whalesong 发表于 2026-2-10 22:41
社长好,在使用上述颜色配置文件后,save visualization state时遇到报错colorinfo: category: couldn't fi ...

不清楚。可以先不用此脚本保存文件,然后自行把脚本里的内容复制到你的save visualization state产生的文件末尾
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-16 15:08 , Processed in 0.183772 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list