适合SiO2的模拟力场有哪些？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-26 09:52:37

confidence 发表于 2022-9-26 09:43
好的呢谢谢sob老师的回答，的确是不小心把“力场混用”当成了错误，这里还有一个疑问：
若一个物质（氧 ...

光是计算原子电荷和力常数不足以完整定义力场，还少了非常关键的LJ参数，LJ参数怎么搞，这直接决定了和什么能混用

confidence · 发表于 Post on 2022-9-26 10:16:07

sobereva 发表于 2022-9-26 09:52
光是计算原子电荷和力常数不足以完整定义力场，还少了非常关键的LJ参数，LJ参数怎么搞，这直接决定了和什 ...

哦哦好呢sob老师，那意思就是说如果文献中能找到LJ参数，并且文献中说了该参数是与什么力场适应，那就能通过该力场来判断和其他力场的混用。
但是如果老师我找不到文献中对应的的LJ参数呢？这种情况下我应该怎么做呢？（用sobtop里自带的UFF/GAFF的LJ参数对吗）

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-27 05:59:07

confidence 发表于 2022-9-26 10:16
哦哦好呢sob老师，那意思就是说如果文献中能找到LJ参数，并且文献中说了该参数是与什么力场适应，那就能 ...

找不到专用的LJ参数就用UFF的凑合

confidence · 发表于 Post on 2022-9-27 09:35:25

sobereva 发表于 2022-9-27 05:59
找不到专用的LJ参数就用UFF的凑合

嗯嗯老师我也是这么做的，那这样子就算是用了UFF力场对吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-28 08:58:28

confidence 发表于 2022-9-27 09:35
嗯嗯老师我也是这么做的，那这样子就算是用了UFF力场对吗？

显然还看bonded参数怎么来
如果用的UFF的LJ参数，而bonded相关参数是自己搞的，也不算严格的UFF力场

confidence · 发表于 Post on 2022-9-28 09:36:15

sobereva 发表于 2022-9-28 08:58
显然还看bonded参数怎么来
如果用的UFF的LJ参数，而bonded相关参数是自己搞的，也不算严格的UFF力场

好呢谢谢sob老师的耐心回答

波波波 · 发表于 Post on 2022-10-30 22:04:24

请问，如果我想模拟二氧化硅的表面（interface 力场里带的结构，表面羟基化程度不一样，带有不同数量的钠离子）和有机物小分子（用GAFF）的相互作用，那么，我该怎么处理这种二氧化硅的表面呢？

wenzihao · 发表于 Post on 2022-11-16 16:47:57

请问，无定型的SiO2也可以用类似方法获取力场嘛？

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[GROMACS] 适合SiO2的模拟力场有哪些？