求助——课题组购机——主要用于GROMACS

Entropy.S.I

Joceeen 发表于 2022-9-20 17:25
嗯嗯，谢谢你的建议。因为我们这边主要还是MD，一台机器满足MD的基本要求就行，量化方向还没开辟出来。那 ...

GPU加速GMX对CPU有较高要求，CPU主要负责全局能量计算，需要与GPU高强度通信，一颗AMD 5900X才能勉强发挥出RTX3090的大部分性能；而性能是2倍RTX3090的RTX4090，则估计至少需要一颗AMD Ryzen 7950X或intel XEON 8375C。不推荐用双路CPU带1块GPU跑GMX，CPU之间通信延迟较高，效率下降明显。你可以装双路8375C & 1块RTX4090，用一颗8375C带RTX4090，另一颗8375C专注于量化计算。

Joceeen

Entropy.S.I 发表于 2022-9-20 17:43
GPU加速GMX对CPU有较高要求，CPU主要负责全局能量计算，需要与GPU高强度通信，一颗AMD 5900X才能勉强发挥 ...

理解了，谢谢你的意见！

libin093

Entropy.S.I 发表于 2022-9-20 16:45
别听他瞎扯，内存不需要动。

GMX跑模拟的部分都支持GPU加速。

现在40系已经发布了，如果想搞一台主要做lammps、GMX的机子，如果选4090，其他配置（譬如CPU等）需要做什么提升吗？有没有推荐的配置单？万分感谢

Entropy.S.I

libin093 发表于 2022-10-3 17:30
现在40系已经发布了，如果想搞一台主要做lammps、GMX的机子，如果选4090，其他配置（譬如CPU等）需要做什 ...

目前不知道7950X能发挥出4090多少性能，还没人实测过。不过综合性能比7950X更强的CPU（不考虑大小核）都比7950X贵得多，目前似乎7950X成了性价比之选。现在B650芯片组主板还没出，没法写具体的配置单，只能大致说一下，7950X+中高端B650E主板+2条支持AMD EXPO的DDR5 6000MT/s 16GB内存+中高端RTX4090非公显卡+1TB及以上NVME SSD+18TB HDD+完整支持ATX3.0&PCIe5.0标准的1000W以上电源（例如海韵VERTEX GX1200，不过这个可能要年底才能买到）是较好的配置。