求助，deform压缩和pull压缩结果不一致

gkg · 发表于 Post on 2022-9-21 17:08:01

我目前在做关于冰的压缩的模拟，同样的模型，模拟环境和应变率。deform是全周期模拟的，pull是把一端固定另一端压（黄色），其他方向有周期性。deform变形可以把冰压得很薄，而pull压到一定程度就会发生体系破坏，周期性盒子也并没有像deform那样扩展的那么大。从应力应变曲线来看，deform应力会趋于0或某一较低数值（冰压成水了），而pull应力会不断增大。一直想不明白是什么原因，向各位老师请教，希望得到您的指点。

tjuptz · 发表于 Post on 2022-9-21 21:45:55

本帖最后由 tjuptz 于 2022-9-21 22:10 编辑

什么系综和力场？同样的模拟环境和应变率是指？这跟泊松比效应有关吧，体相冰的话应该用npt吧，pull法有真空，没法控压

gkg · 发表于 Post on 2022-9-29 21:15:38

tjuptz 发表于 2022-9-21 21:45
什么系综和力场？同样的模拟环境和应变率是指？这跟泊松比效应有关吧，体相冰的话应该用npt吧，pull法有真 ...

感谢您的回答。使用的是oplsaa.ff力场和npt系综，同样的温度200k和-0.00035应变率。现在不明白的是:
1.为什么会有这种压缩的差别，pull压缩xy方向是周期性的，压缩成水后为什么不会像deform那样压的很窄，而是体系崩溃了。
2.您说的这个泊松效应怎么去控制呢

tjuptz · 发表于 Post on 2022-9-30 07:54:50

gkg 发表于 2022-9-29 21:15
感谢您的回答。使用的是oplsaa.ff力场和npt系综，同样的温度200k和-0.00035应变率。现在不明白的是:
1. ...

1.看最后一张图，似乎plull法用的半各项同性控压，z向盒子不会自发调节，导致没法体现泊松效应

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[GROMACS] 求助，deform压缩和pull压缩结果不一致

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