关于溶质分子在溶剂环境下的弱相互作用问题

杨小狗

我研究一个目标分子，在极化溶剂中，我想考察一下目标分子与溶剂分子之间的相互作用问题。在这里我总结成三个问题。如下：
① 在sob老师《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》

一文中研究了目标水溶剂分子在充满水分子的环境下的弱相互作用问题，那么我的问题是：这个溶剂环境是使用什么软件模拟的呢？ 需要用分子动力学软件来考虑水分子之间的相互作用吗？ 还是用高斯计算波函数文件，只是做了一个溶剂化模型呢？
②

如果用分子动力学软件，使用的是什么软件呢？
③ 如图中所示，动力学轨迹图，图中的许多透明度小雨100%的水分子是如何加进去的？我在高斯中同样见过别人在目标分子周围布满这些分子棍状图，这个花镜需要动力学软件进行模拟吗？
综上，我想学习动力学软件lammps，如果需要动力学软件，lammps可以做到吗？
感谢老师同学们在百忙之中的阅读和解析！谢谢

ruanyang

1）这个帖子中的轨迹文件，Sob老师应该是使用gromacs软件得到的。这个帖子考察的应该就是水分子之间的相互作用，只是利用Multiwfn进行了aRDG分析，图形化结果（我是这样理解的）。
2）正常使用的  MD软件均能得到轨迹文件（可能需要转格式为.xyz，VMD可以直接处理，前提是轨迹文件不要太大），常用的：gromacs,lammps,namd等应该均可
3）其实就是建一个水盒子，取其中一个靠近中心的水分子进行分析（在这之前需要固定这个水分子，然后在跑一段轨迹），进行后续的分析。

其实Sob老师的帖子中讲的很详细，可能你不熟悉gromacs，导致看起来比较吃力，你可以忽略其中的相关命令！这样看起来会方便一点。

个人浅见！可以等Sob老师来详细解释！

杨小狗

ruanyang 发表于 2016-5-10 22:02
1）这个帖子中的轨迹文件，Sob老师应该是使用gromacs软件得到的。这个帖子考察的应该就是水分子之间的相互 ...

只用高斯加上溶剂化模型来研究水分子之间的相互作用是不行的吧？
我没有接触过动力学软件，看来因该先简要地学习了解一下动力学原理和软件了啊
谢谢您的回答！！

sobereva

2L已经回答很充分了。
Gaussian里光用scrf加上个隐式溶剂模型肯定不行，否则溶剂只是被当成连续介质来考虑，仅表现出外场效果，没法明确讨论与之相互作用。
生物分子和小分子体系研究还是建议用gromacs，速度很快，免费，用户群大，也容易上手。lammps更偏重材料相关的问题模拟。

杨小狗

sobereva 发表于 2016-5-14 19:30
2L已经回答很充分了。
Gaussian里光用scrf加上个隐式溶剂模型肯定不行，否则溶剂只是被当成连续介质来考虑 ...

谢谢老师的耐心解答