求助：用GaussView画涉及并环的复杂有机分子结构的问题

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-9-25 19:39:15

请教一下，用GaussView画复杂有机分子时（如下图），怎么把两个苯环或者五元环并在一块啊，不好操作啊

含光君 · 发表于 Post on 2022-9-25 20:06:23

用Chemdraw画好键线式，复制到Chem3D，MM力场优化后保存成gjf文件

ZZU_SCU · 发表于 Post on 2022-9-25 20:09:24

这么复杂的结构，我一般都是用MS画好，导出mol2格式，再用Gaussview打开。

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-9-25 20:25:16

ZZU_SCU 发表于 2022-9-25 20:09
这么复杂的结构，我一般都是用MS画好，导出mol2格式，再用Gaussview打开。

但是看到过有关帖子说MS画的结构保存成mol2格式，苯环好像转变的不对，后面应该也不可以用来产生拓扑文件吧

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-9-25 20:29:34

含光君发表于 2022-9-25 20:06
用Chemdraw画好键线式，复制到Chem3D，MM力场优化后保存成gjf文件

请问是选择MM2——Minimize Energy 还是选择MMFF94——Perform MMFF94 Minimization呀

ZZU_SCU · 发表于 Post on 2022-9-25 20:39:53

深爱小李发表于 2022-9-25 20:25
但是看到过有关帖子说MS画的结构保存成mol2格式，苯环好像转变的不对，后面应该也不可以用来产生拓扑文件 ...

这说明你在MS画的也不对啊，这mol2格式保存的坐标吧

含光君 · 发表于 Post on 2022-9-25 20:42:47

深爱小李发表于 2022-9-25 20:29
请问是选择MM2——Minimize Energy 还是选择MMFF94——Perform MMFF94 Minimization呀

前面那个

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-25 21:36:30

涉及并环，而且GaussView自带的片段库里没有相应片段时，适合chemdraw画完之后弄到chem3D里经验产生初始立体结构，仅对于成键方式普通的有机分子且当前结构和实际结构偏离较远，适合再用MMFF94做个minimization当做是预优化。

MM2比起MMFF94没明显优点，而且对于杂原子还会自动加上描述孤对电子的粒子，保存成gjf文件后还得手动删除，因此只建议用MMFF94。

有时候用力场做minimization还不如不做，比如碗烯，自动产生的是碗状的构型，基本合理，而用MMFF94或MM2做minimization后成了错误的平面构型，直接拿去做量化级别的优化大概率得到虚频。这是因为这种体系的电子效应太强所致，力场没法考虑到。

不建议用M$。不涉及并环结构的情况，M$远不如GaussView搭结构方便和强大；而涉及较多并环的情况，又不如chemdraw+Chem3D省事

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-9-25 21:52:12

sobereva 发表于 2022-9-25 21:36
涉及并环，而且GaussView自带的片段库里没有相应片段时，适合chemdraw画完之后弄到chem3D里经验产生初始立 ...

谢谢老师的回复，那像我这样复杂的有机分子是不是不用优化直接保存成gjf文件呢

望月凝香 · 发表于 Post on 2022-9-26 04:55:50

如果有一定编程基础的话，可以考虑使用rdkit从smiles生成。

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-26 05:20:44

深爱小李发表于 2022-9-25 21:52
谢谢老师的回复，那像我这样复杂的有机分子是不是不用优化直接保存成gjf文件呢

对当前分子，先做一下MMFF94的minimization至少没坏处，比Chem3D直接自动产生的结构好

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-9-26 10:04:01

sobereva 发表于 2022-9-26 05:20
对当前分子，先做一下MMFF94的minimization至少没坏处，比Chem3D直接自动产生的结构好

嗯嗯好的谢谢老师

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-9-26 10:05:07

望月凝香发表于 2022-9-26 04:55
如果有一定编程基础的话，可以考虑使用rdkit从smiles生成。

啊我是编程小白，专业是药学方面的

，不过谢谢你的回复

zhangzhiyuanscu · 发表于 Post on 2023-12-2 16:17:56

sobereva 发表于 2022-9-25 21:36
涉及并环，而且GaussView自带的片段库里没有相应片段时，适合chemdraw画完之后弄到chem3D里经验产生初始立 ...

sob老师，请问对于包含金属元素多配位化合物如何从SMILES结构或者从2D graph构建初始的3D结构呢？

我试过MMFF94似乎不能处理金属元素，使用UFF经常获得的是紊乱的结构（甚至有机结构都断裂了）

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-3 00:51:40

zhangzhiyuanscu 发表于 2023-12-2 16:17
sob老师，请问对于包含金属元素多配位化合物如何从SMILES结构或者从2D graph构建初始的3D结构呢？

我 ...

结合配位化学常识，估计出来配位区域的结构什么样、怎么配位的，gview里自己摆一个合适的初猜然后做优化

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