请问，分析范德华表面穿透程度时，可以定量计算相互穿透区域的体积么？

ZSW · 发表于 Post on 2022-9-30 09:19:34

本帖最后由 ZSW 于 2022-10-1 18:43 编辑

老师，分析范德华表面穿透程度时，除了相互穿透距离之外，还有其他可以定量计算的么？附件中图1是我做的穿透图（F- + CH3CH2Cl体系），亲核试剂和C还有H都有作用，我更想看跟α-C之间的作用，但是穿透距离我量哪里比较合适？或者我可以计算整个穿透区域的体积么？还有一个问题，附件中图2是我做的IRI等值面图，C-Cl键的等值面有些奇怪，这个图合理么？我尝试调了等值面的大小，但是调小以后，左边区域的等值面中间断掉了，如条调整能让图片更好看呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-1 12:04:27

图片直接贴，别放到word文档里，别人还得下载才能看

此时靠穿透距离没法说明跟alpha碳的作用，本来穿透程度也和F-与带正电的氢的相互作用有显著关系。
穿透体积也不直接体现和alpha碳的作用，体现的是整体的作用。但需要算的话我可以在Multiwfn里加上相应功能

不用在意形状，没啥问题。此特征和Cl的价电子结构有关

ZSW · 发表于 Post on 2022-10-1 18:43:38

sobereva 发表于 2022-10-1 12:04
图片直接贴，别放到word文档里，别人还得下载才能看

此时靠穿透距离没法说明跟alpha碳的作用，本来穿透 ...

谢谢老师，我还有一个问题，图片（已上传）显示的是不同离去基团时，离子偶极子复合物的穿透图，离去基团的变化，导致F与α-C之间的穿透程度更大一些，与β-H的穿透程度变化不是很大，此时通过穿透距离或体积是否可以说明离去基团的变化使得F与α-C的相互作用更强？老师关于穿透距离的定义可以推荐下文献么？

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-2 04:46:21

ZSW 发表于 2022-10-1 18:43
谢谢老师，我还有一个问题，图片（已上传）显示的是不同离去基团时，离子偶极子复合物的穿透图，离去基团 ...

我并不建议从这种角度分析，说不清楚，而且关键也在于和F-作用的并不仅仅是一个原子
还不如讨论结合不同取代基时候和F-作用的那个方向的静电势的变化，从物理上也更直接能说明内在的结合倾向、发生的难易程度

ZSW · 发表于 Post on 2022-10-9 16:09:52

sobereva 发表于 2022-10-2 04:46
我并不建议从这种角度分析，说不清楚，而且关键也在于和F-作用的并不仅仅是一个原子
还不如讨论结合不同 ...

谢谢老师，我还有一个问题，我想研究离去基团的变化，发生SN2反应时是否会产生严重的空间位阻，我做了SN2过渡态的IRI等值面图，区别不是很明显，老师，有什么方法可以定性或定量描述空间位阻的么？

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[波函数分析求助] 请问，分析范德华表面穿透程度时，可以定量计算相互穿透区域的体积么？