求助：用MCPB.py对金属有机化合物建模时，出现错误

哇卡卡卡卡卡

我现在正在用MCPB.py对金属有机化合物建模，我将底物分成两个部分：金属离子+ligand。1、我通过metalpdb2mol2.py -i FE.pdb -o FE.mol2 -c 4生成了FE.mol2文件；

2、计算ligand的resp电荷，手动加到ligand的mol2文件中，通过parmchk2命令生成了相应的ligand.frcmod文件。
3、编写输入文件sub.in
original_pdb TSb2.pdb
group_name TSb2
ion_ids 37
ion_mol2files FE.mol2
naa_mol2files ligand.mol2
frcmod_files ligand.frcmod
运行：MCPB.py -i sub.in -s 1
出现错误：Traceback (most recent call last):
  File "/public/software/apps/amber20/bin/MCPB.py", line 577, in <module>
    mcresname0, mcresname = get_ms_resnames(orpdbf, ionids, cutoff, addres,
  File "/public/software/apps/amber20/lib/python3.8/site-packages/pymsmt/mcpb/gene_model_files.py", line 45, in get_ms_resnames
    mol, atids, resids = get_atominfo_fpdb(pdbfile)
  File "/public/software/apps/amber20/lib/python3.8/site-packages/pymsmt/mol/pdbio.py", line 30, in get_atominfo_fpdb
    resid = int(line[22:26])
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '    '


关于利用MCPB.py对有机金属化合物建模，我是参考文章 MCPB.py: A Python Based Metal Center Parameter Builder中SI的example2
查资料说是amber的版本低，不支持什么类型转换，但是我用的是amber20，不知道是哪里出错了，求指导！
附上TSb2.pdb

Frozen-Penguin

这个文件好像不符合PDB文件格式的要求

casea

pdb有专门的保存格式，你这个pdb格式混乱, 可以根据以下网址修改
http://www.wwpdb.org/documentati ... format33/sect9.html

哇卡卡卡卡卡

casea 发表于 2022-10-4 08:57
pdb有专门的保存格式，你这个pdb格式混乱, 可以根据以下网址修改
http://www.wwpdb.org/documentation/fil ...

谢谢您！我今天仔细看了这个网址，看了里面相应的一些格式，但是我还是不是很清楚具体应该怎么改，它上面说了几种records，以及网页上面提到了对于单体monomers参照(https://files.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers)，里面有很多文件，我看了一下，我看的云里雾里，不知道格式应该怎么一一对应，我这个pdb的格式具体不知道应该怎么改，求指导！
下面是我通过Gaussview直接保存的.pdb文件格式，不知道在这个基础上应该怎么改。
TITLE       Required
REMARK   1 File created by GaussView 6.0.16
HETATM    1  C           0       0.694  -2.809   1.132                       C
HETATM    2  C           0       1.216  -4.114   0.811                       C
HETATM    3  C           0       2.095  -3.938  -0.216                       C
HETATM    4  C           0       2.110  -2.525  -0.508                       C
HETATM    5  N           0       1.244  -1.855   0.316                       N
HETATM    6  H           0       0.937  -5.030   1.316                       H
HETATM    7  H           0       2.693  -4.680  -0.730                       H
HETATM    8  C           0       2.742   1.593  -1.644                       C
HETATM    9  C           0       3.743   1.357  -2.659                       C
HETATM   10  C           0       3.920   0.008  -2.722                       C
HETATM   11  C           0       3.030  -0.569  -1.740                       C
HETATM   12  N           0       2.326   0.410  -1.095                       N
HETATM   13  H           0       4.230   2.133  -3.235                       H
HETATM   14  H           0       4.585  -0.560  -3.359                       H
HETATM   15  C           0      -1.182   0.845   2.410                       C
HETATM   16  C           0      -2.014   0.281   3.447                       C
HETATM   17  C           0      -1.754  -1.057   3.470                       C
HETATM   18  C           0      -0.772  -1.302   2.442                       C
HETATM   19  N           0      -0.439  -0.134   1.805                       N
HETATM   20  H           0      -2.691   0.851   4.070                       H
HETATM   21  H           0      -2.175  -1.818   4.115                       H
HETATM   22  C           0      -0.279   2.806   1.176                       C
HETATM   23  C           0      -0.220   4.227   0.920                       C
HETATM   24  C           0       0.744   4.410  -0.024                       C
HETATM   25  C           0       1.262   3.100  -0.343                       C
HETATM   26  N           0       0.630   2.140   0.400                       N

Frozen-Penguin

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-10-4 16:32
谢谢您！我今天仔细看了这个网址，看了里面相应的一些格式，但是我还是不是很清楚具体应该怎么改，它上面 ...

1. Record Format
   
2. 
   
3. COLUMNS        DATA  TYPE    FIELD        DEFINITION
   
4. -------------------------------------------------------------------------------------
   
5. 1 -  6        Record name   "ATOM  "
   
6. 7 - 11        Integer       serial       Atom  serial number.
   
7. 13 - 16        Atom          name         Atom name.
   
8. 17             Character     altLoc       Alternate location indicator.
   
9. 18 - 20        Residue name  resName      Residue name.
   
10. 22             Character     chainID      Chain identifier.
    
11. 23 - 26        Integer       resSeq       Residue sequence number.
    
12. 27             AChar         iCode        Code for insertion of residues.
    
13. 31 - 38        Real(8.3)     x            Orthogonal coordinates for X in Angstroms.
    
14. 39 - 46        Real(8.3)     y            Orthogonal coordinates for Y in Angstroms.
    
15. 47 - 54        Real(8.3)     z            Orthogonal coordinates for Z in Angstroms.
    
16. 55 - 60        Real(6.2)     occupancy    Occupancy.
    
17. 61 - 66        Real(6.2)     tempFactor   Temperature  factor.
    
18. 77 - 78        LString(2)    element      Element symbol, right-justified.
    
19. 79 - 80        LString(2)    charge       Charge  on the atom.

复制代码

只需要看这些，把信息写到对应的列，用不到的可以不填

哇卡卡卡卡卡

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-4 18:34
只需要看这些，把信息写到对应的列，用不到的可以不填

非常感谢！我按照您发的，重新修改了pdb文件的格式，已经没有报错
不知道是电荷的缘故，出现了这个错误，不知道这种情况是哪里除了问题，求指导！
  File "/public/software/apps/amber20/lib/python3.8/site-packages/pymsmt/mol/mol2io.py", line 34, in get_atominfo
    atid, atname, crdx, crdy, crdz, atomtype, resid, resname, charge = \
ValueError: not enough values to unpack (expected 9, got 8)

Frozen-Penguin

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-10-4 21:40
非常感谢！我按照您发的，重新修改了pdb文件的格式，已经没有报错
不知道是电荷的缘故，出现了这个错误 ...

这个错误说的应该是mol2文件的问题，atid, atname, crdx, crdy, crdz, atomtype, resid, resname, charge，这些里面少了一个，可能是缺少电荷

哇卡卡卡卡卡

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-5 16:42
这个错误说的应该是mol2文件的问题，atid, atname, crdx, crdy, crdz, atomtype, resid, resname, charge ...

谢谢您！在这里配体我是计算的resp电荷，将resp电荷手动加到了配体的mol2文件中，因为用antechamber命令无法将pdb文件转成mol2文件，所以我的mol2 文件是直接通过gaussview生成的，在这个mol2文件的基础上，按照sob老师发的mol2文件的格式，手动将原子电荷加上去。所以在mol2文件中是有电荷的，但是不知道是什么缘故在用MCPB.py建模时，出现错误了。
下面是配体的mol2文件内容
# Molecule Name
# Created by GaussView 6.0.16
#

#
#

@<TRIPOS>MOLECULE
Molecule Name
56 61
SMALL
USER_CHARGES


@<TRIPOS>ATOM
1 C1     0.6940    -2.8090     1.1320 C 1 MOL 0.4485315145
2 C2     1.2160    -4.1140     0.8110 C 1 MOL -0.4277690317
3 C3     2.0950    -3.9380    -0.2160 C 1 MOL -0.3079269655
4 C4     2.1100    -2.5250    -0.5080 C 1 MOL 0.2276833653
5 N5     1.2440    -1.8550     0.3160 N 1 MOL -0.2789324103
6 H6     0.9370    -5.0300     1.3160 H 1 MOL 0.1693084947
7 H7     2.6930    -4.6800    -0.7300 H 1 MOL 0.1455934780
8 C8     2.7420     1.5930    -1.6440 C 1 MOL 0.2458728836

Frozen-Penguin

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-10-5 21:56
谢谢您！在这里配体我是计算的resp电荷，将resp电荷手动加到了配体的mol2文件中，因为用antechamber命令 ...

可能是金属离子的mol2文件缺少电荷？

哇卡卡卡卡卡

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-6 01:25
可能是金属离子的mol2文件缺少电荷？

非常感谢！金属离子的mol2文件是有电荷的，我将金属离子的mol2修改了一下，然后运行的时候出现了这种错误，自己根据错误类型对应着将配体的mol2文件的原子标号改成了C1、C2...N1、H1这种，但是运行的时候出现了这种错误：MOL-H23。配体总共就只有22个H原子，不知道我的输入文件是哪里错了，求指导！

*=======================Building models==========================*
*                                                                *
******************************************************************
***Creating the small model...
It contains the residue 1-FE as normal.
It contains the residue 2-MOL as normal.
Totally there are 57 atoms in the small model.
Totally there are 269 electrons in the small model.
***Creating the standard model...
It contains the residue 1-FE as normal.
It contains the residue 2-MOL as normal.
Traceback (most recent call last):
  File "/public/software/apps/amber20/bin/MCPB.py", line 643, in <module>
    gene_model_files(orpdbf, ionids, addres, addbpairs, gname, ff_choice,
  File "/public/software/apps/amber20/lib/python3.8/site-packages/pymsmt/mcpb/gene_model_files.py", line 1906, in gene_model_files
    build_standard_model(mol, reslist, cutoff, msresids, outf, ionids,
  File "/public/software/apps/amber20/lib/python3.8/site-packages/pymsmt/mcpb/gene_model_files.py", line 1471, in build_standard_model
    attype = libdict[resname + '-' + atname][0]
KeyError: 'MOL-H23'

Frozen-Penguin

看一下in文件里面的ion_ids对不对，这个应该和输入的pdb文件中离子的id保持一致

哇卡卡卡卡卡

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-6 13:27
看一下in文件里面的ion_ids对不对，这个应该和输入的pdb文件中离子的id保持一致

您好！我看了一下，in文件中金属离子上面写的是1，和pdb文件一致。是不是这个标号不能是1，这个标号有顺序可说吗，我试了一下，因为在gaussview中搭建的结构金属的标号是37，然后我就把金属换成37，对应的pdb金属的位置也改了，但是还是同样的错误，不知道具体是什么缘故，下面是我的三个文件
in文件：
original_pdb TSb2.pdb
group_name TSb2
ion_ids 1
ion_mol2files FE.mol2
naa_mol2files MOL.mol2
frcmod_files MOL.frcmod
pdb文件：
HETATM    1   FE  FE     1       0.894   0.129   0.318                      FE
HETATM    2   C1 MOL     2       0.694  -2.809   1.132                       C
HETATM    3   C2 MOL     2       1.216  -4.114   0.811                       C
HETATM    4   C3 MOL     2       2.095  -3.938  -0.216                       C
HETATM    5   C4 MOL     2       2.110  -2.525  -0.508                       C
HETATM    6   N1 MOL     2       1.244  -1.855   0.316                       N
HETATM    7   H1 MOL     2       0.937  -5.030   1.316                       H
HETATM    8   H2 MOL     2       2.693  -4.680  -0.730                       H
金属的mol2文件：
@<TRIPOS>MOLECULE

    1     0     1     0     0
SMALL
User Assigned Charge


@<TRIPOS>ATOM
      1 FE          0.0000    0.0000    0.0000 FE        1 FE       4.000000
@<TRIPOS>BOND
@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
     1           1 TEMP              0 ****  ****    0 ROOT
配体的mol2文件：
@<TRIPOS>MOLECULE
Molecule Name
56 61
SMALL
USER_CHARGES


@<TRIPOS>ATOM
1 C1     0.6940    -2.8090     1.1320 C 2 MOL 0.4485315145
2 C2     1.2160    -4.1140     0.8110 C 2 MOL -0.4277690317
3 C3     2.0950    -3.9380    -0.2160 C 2 MOL -0.3079269655
4 C4     2.1100    -2.5250    -0.5080 C 2 MOL 0.2276833653
5 N1     1.2440    -1.8550     0.3160 N 2 MOL -0.2789324103
6 H1     0.9370    -5.0300     1.3160 H 2 MOL 0.1693084947

Frozen-Penguin

你发的mol2文件好像不完整。
你可以先按照官网的教程做一遍，每一步的中间文件教程上都能下载。
https://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/mcpbpy.php

哇卡卡卡卡卡

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-6 23:30
你发的mol2文件好像不完整。
你可以先按照官网的教程做一遍，每一步的中间文件教程上都能下载。
https:// ...

好的好的，谢谢您！

sunmeng

请问您的问题解决了吗？我现在也遇到了同样的问题，可以麻烦您分享一下解决办法吗？