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本帖最后由 Couriosity 于 2022-10-6 14:19 编辑
大家好，最近在用Amber研究配体和蛋白结合模式，进行能量最小化、加热和平衡过程后，我进行了100ns*10 = 1μs的无约束模拟，无约束模拟我写了一个shell脚本，参数设置如下：
for i in `seq 1 10`; do
mkdir -p md${i}
cd md${i}
# 100 nano second per run with default ig
cat > md.in <<EOF
# pmemd: plain minimization, es
&cntrl
irest=1, ntx=5,ntr=0,
imin=0,
nstlim=50000000, dt=0.002,
temp0=300.0, ntt=3, gamma_ln=1.0,
ntc=2, ntf=2, ig=-1, iwrap=1,
cut=10.0,
ntpr=5000, ntwv=0, ntwx=5000, ntwr=10000000,
ntb=2, ntp=1, pres0=1.0, taup=1.0,
/
EOF
if [ $i -eq 1 ]
then
pmemd.cuda -O -i md.in -o md${i}.out -p xxx_solv.prmtop -c ../3_equ/hold4.res -x md${i}.nc -e md${i}.en -r md${i}.res
else
pmemd.cuda -O -i md.in -o md${i}.out -p xxx_solv.prmtop -c ../md$[i-1]/md$[i-1].res -x md${i}.nc -e md${i}.en -r md${i}.res
每个100ns轨迹有10000帧坐标，1μs总共有100000帧坐标，用Chimera软件可视化的时候，一开始一直都是复合物状态；但到第18970帧，也就是不到200ns的时候，配体突然与蛋白质分离（没观察到缓慢出去的过程，是直接分离的），在这之后在分离和结合状态反复横跳（如视频所示），请问各位前辈这是什么原因呢，是Chimera可视化软件的问题，还是我模拟的问题？如果是模拟的问题，怎样才能改好呢？
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amber.mp4
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结合分离视频
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发表于 Post on 2022-10-6 14:16:04
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