[Amber] mmgbsa mmpbsa的自由能数值大小问题

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发表于 Post on 2022-10-6 15:38:17 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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运用amber教程中的mmpbsa.py计算完结果后发现两个数值相差很大。mmgbsa：-60，mmpbsa：-7。mmgbsa不是近似mmpbsa吗？
1. 我的体系是膜蛋白与小分子体系，是膜的影响？
2. 是我分子动力学模拟时间不够（10ns）的影响？
如果是膜的影响需要注意哪些
如果是时间不够我再跑久一些
谢谢

FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat

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mmpbsa计算输出结果

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