在NPT平衡时使用模拟退火缓慢升温，但是输出的温度没有升上去

霍元甲

各位老师同学大家好，

我想研究水溶液中的蛋白结构的稳定性，想后续看它在高温下（398K）解链的过程。我计划先npt，再放开位置限制进行生产动力学（md阶段）；
在npt平衡时使用模拟退火进行缓慢升温，虽然我在md阶段观察到了解链，但是我发现在npt输出的温度数据中，温度并没有升高，我很疑惑


这是我npt的文件


define      = -DPOSRES  ; position restrain the protein
; Run parameters
integrator  = md        ; leap-frog integrator
nsteps      = 5000000     ; 2 * 50000 = 10 ns
dt          = 0.002     ; 2 fs
comm-mode        = Angular        ; remove center of mass translational and rotational velocity
; Output control
nstxout     = 10000       ; save coordinates every 1.0 ps
nstvout     = 10000       ; save velocities every 1.0 ps
nstenergy   = 10000       ; save energies every 1.0 ps
nstlog      = 10000       ; update log file every 1.0 ps
; Bond parameters
continuation            = yes       ; Restarting after NVT
;constraint_algorithm    = lincs     ; holonomic constraints
constraint_algorithm    = SHAKE
constraints             = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter              = 1         ; accuracy of LINCS
lincs_order             = 4         ; also related to accuracy
; Neighborsearching
;rlist           = 0.8
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid      ; search neighboring grid cells
;nstlist         = 20        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
rcoulomb        = 0.8       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw            = 0.8       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype     = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order       = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16      ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl      = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
tc-grps     = Protein  Non-Protein   ; two coupling groups - more accurate
;tau_t       = 0.1     0.1           ; time constant, in ps
;ref_t       = 398     398           ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl              = Berendsen     ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype          = isotropic             ; uniform scaling of box vectors
tau_p               = 0.5                   ; time constant, in ps
ref_p               = 1.013                   ; reference pressure, in bar
compressibility     = 4.5e-5                ; isothermal compressibility of water, bar^-1
refcoord_scaling    = com
;Simulated annealing
annealing                        = single                                 ;liner annealing
annealing-npoints        = 6                                                ;number of entries
annealing-time                = 0 1000000 1000000 1000000 1000000 1000000
annealing-temp                = 273 298 323 348 373 398
; Periodic boundary conditions
pbc     = xyz       ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr    = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
;gen_vel     = no        ; Velocity generation is off
gen_vel     = yes        

霍元甲

不过我在md阶段的温度是平衡在398k的
这是我md的文件

; Run parameters
integrator  = md        ; leap-frog integrator
;nsteps      = 5000000000    ; 10us
nsteps      = 50000000 ; 100 ns
dt          = 0.002     ; 2 fs
comm-mode        = Angular        ; remove center of mass translational and rotational velocity
; Output control
;nstxout             = 0     ; save coordinates every 10.0 ps
nstxout             = 10000 ; save every 20.0 ps
nstvout             = 10000     ; save velocities every 10.0 ps
nstenergy           = 20000    ; save energies every 10.0 ps
nstlog              = 20000     ; update log file every 10.0 ps
nstxout-compressed  = 5000
compressed-x-precision =1000
compressed-x-grps   = Protein
; Bond parameters
continuation            = yes       ; Restarting after NPT
constraint_algorithm    = SHAKE     ; holonomic constraints
shake-tol                                = 0.0001        ; for shake algorithm
constraints             = H-bonds   ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained
lincs_iter              = 1         ; accuracy of LINCS
lincs_order             = 4         ; also related to accuracy
; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid      ; search neighboring grid cells
;nstlist         = 10        ; 20 fs, largely irrelevant with Verlet scheme
;nstlist         = 5
;rlist           = 0.8
;rlist           = 1.4
rcoulomb        = 0.8       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
vdwtype         = cutoff
rvdw            = 0.8       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
; Electrostatics
coulombtype     = PME       ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
pme_order       = 4         ; cubic interpolation
fourierspacing  = 0.16      ; grid spacing for FFT
; Temperature coupling is on
tcoupl      = V-rescale             ; modified Berendsen thermostat
tc-grps     = Protein Non-Protein   ; two coupling groups - more accurate
tau_t       = 0.1     0.1           ; time constant, in ps
ref_t       = 398     398           ; reference temperature, one for each group, in K
; Pressure coupling is on
pcoupl              = Parrinello-Rahman     ; Pressure coupling on in NPT
pcoupltype          = isotropic             ; uniform scaling of box vectors
tau_p               = 0.5                   ; time constant, in ps
ref_p               = 1.013                   ; reference pressure, in bar
compressibility     = 4.5e-5                ; isothermal compressibility of water, bar^-1
; Periodic boundary conditions
pbc     = xyz       ; 3-D PBC
; Dispersion correction
DispCorr    = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme
; Velocity generation
gen_vel     = no        ; Velocity generation is off

Frozen-Penguin

annealing-time 的单位好像是ps吧，模拟总时长比这几个时间短多了

霍元甲

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-7 13:58
annealing-time 的单位好像是ps吧，模拟总时长比这几个时间短多了

啊！那我应该是当成步数了！感谢提示！！！！