计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: confidence
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:TiO2和Bi2O3的结构发生严重变形,无法维持刚性

[复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120165

管理员

公社社长

16#
发表于 Post on 2022-10-19 18:22:13 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2022-10-19 17:24
嗯嗯sob老师,我按照您说的将蛋白的力场换成了AMBER,之后跑的过程中又出现了新的问题。
1、如图所示, ...

1 TiO2的氧带明显负电荷,水的氢自发冲着氧是极其正常的。但目前看起来水有晶态特征,所以要注意考虑下控温的问题,说不定表面上那层水的温度很低。建议把水单独作为一个控温组

2 TiO2表面是什么样和晶型、晶面有很大关系,很多文章都做了讨论,注意恰当注意表面结构的选取。看比如Langmuir 2014, 30, 14832−14840

3 尽可能和实际情况一致。距离5埃从常理上来说太远。结合处的结构应当恰当考虑,可能需要用bond项描述,还可能需要利用第一性原理程序优化异质结接触部分
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

88

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1145

Level 4 (黑子)

17#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-20 12:25:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-19 18:22
1 TiO2的氧带明显负电荷,水的氢自发冲着氧是极其正常的。但目前看起来水有晶态特征,所以要注意考虑下控 ...

谢谢sob老师的回答
1、我尝试着把水单独作为控温组,简单跑了一下0.5ns的npt后发现水还是存在一样的情况
2、我这个TiO2就只是直接扩胞,并未进行切面,不知道这样可以不?还是说老师对于这种晶体结构必然要切面呢?
3、老师如果要对结合处结构bond项进行描述,是指将这整个异质结(TiO2/Bi2O3)的itp文件用sobtop生成么?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120165

管理员

公社社长

18#
发表于 Post on 2022-10-20 16:15:22 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2022-10-20 12:25
谢谢sob老师的回答
1、我尝试着把水单独作为控温组,简单跑了一下0.5ns的npt后发现水还是存在一样的情况 ...

2 如果你是指直接对原胞平移复制,得到表面,那有没有意义就看你要研究什么晶面与水的作用了。

3 是

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

88

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1145

Level 4 (黑子)

19#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-24 17:46:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-20 16:15
2 如果你是指直接对原胞平移复制,得到表面,那有没有意义就看你要研究什么晶面与水的作用了。

3 是

谢谢sob老师的回答,经过这几天的尝试,又遇到了一些新的问题
1、跑TiO2与蛋白时,发现md结果如图 ,其pressure达到了-10000bar左右,与设定的1.013bar严重不符,看了相关的控压设置感觉也没发现哪里有问题,因此想麻烦老师看看是哪里的错误?(或者说这结果能用么?虽然个人觉得大概率不行)2、按照sob老师说的,我将TiO2与Bi2O3构建成异质结后 用sobtop生成了itp文件,将其在真空中跑固定后跑em能正常运行(不固定的话该结构变形会比较严重,但还是能保持,不会太散)。但是我在盒子中加水后跑em或者md的时候立马就会报segmentation fault。我检查了对应的gro和top顺序是没错误的,单独跑也是能行的,但就不明白为啥加水了就不行,麻烦老师看看怎么回事呢?

ps:附件包含了两个模拟涉及到的mdp、gro文件 TiO2_FN.rar (4.44 MB, 下载次数 Times of downloads: 2) TiO2_Bi2O3.rar (6.97 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

麻烦各位老师帮我看看是怎么回事呢,谢谢各位老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120165

管理员

公社社长

20#
发表于 Post on 2022-10-24 23:55:29 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2022-10-24 17:46
谢谢sob老师的回答,经过这几天的尝试,又遇到了一些新的问题
1、跑TiO2与蛋白时,发现md结果如图,其pr ...

我没时间具体看你的文件。如果不是各向异性控压,用各向异性控压。如果已经是的话,调调压浴参数,或者尝试其它压浴

Bi2O3的情况,一点点加水,反复测试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

88

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1145

Level 4 (黑子)

21#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-25 19:42:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 confidence 于 2022-10-26 09:40 编辑
sobereva 发表于 2022-10-24 23:55
我没时间具体看你的文件。如果不是各向异性控压,用各向异性控压。如果已经是的话,调调压浴参数,或者尝 ...

谢谢sob老师的回复
1、我按照您说的改为各向异性控压后的确能顺利跑完了,而且不会存在上图那些洞。但是老师为什么对我这个体系还需要用各项异性呢?看您回复过的是对于膜体系需要各向异性(因为膜在垂直和水平侧差别很多)
2、我尝试把水删掉一部分如图, 就可以跑em,但是连emtol5000都到不了,拿去跑npt也是立即就segmentation fault。之后我又试着换了另一个晶面的Bi2O3来构建异质结, 此时仅仅加水的话是能顺利跑完em/npt/md的(虽然在em的过程中出现了一些pdb文件,这应该是不太合理的情况)。但是当我把蛋白质加进来后,想跑em就出现了许多的core文件 。请问老师这又是怎么回事呢?
老师我又测试了一下,最终的TiO2/Bi2O3异质结在水环境中能正常跑完所有流程,TiO2/Bi2O3/蛋白质在真空下也能跑完所有流程。但是TiO2/Bi2O3/蛋白质在水环境中就会出现上图所示报错,这不科学呀,请问老师究竟是哪里有问题呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120165

管理员

公社社长

22#
发表于 Post on 2022-10-26 14:27:44 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2022-10-25 19:42
谢谢sob老师的回复
1、我按照您说的改为各向异性控压后的确能顺利跑完了,而且不会存在上图那些洞。但是 ...

1 各项同性控压时盒子三个方向变化的幅度是相同的,显然这会导致由于slab在XY方向上撑着盒子,令Z方向没法自如地变化尺寸来消掉真空区

2 只能一点点调试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

88

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1145

Level 4 (黑子)

23#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-26 16:10:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 confidence 于 2022-10-26 16:22 编辑
sobereva 发表于 2022-10-26 14:27
1 各项同性控压时盒子三个方向变化的幅度是相同的,显然这会导致由于slab在XY方向上撑着盒子,令Z方向没 ...

嗯嗯谢谢sob老师,经过不断将水分子删减后我发现当我构建如图所示的初始模型时 ,就能顺利的把em/npt/md跑完。那老师我这样的模型是能够使用的把?
不过为啥会需要删减水分子成这样子我也还是云里雾里,不知道老师您这边能不能给个解释呢?




6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120165

管理员

公社社长

24#
发表于 Post on 2022-10-27 05:05:01 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2022-10-26 16:10
嗯嗯谢谢sob老师,经过不断将水分子删减后我发现当我构建如图所示的初始模型时,就能顺利的把em/npt/md跑 ...

可以模拟

没有明确的解释,无非就是初始结构有不合理接触之类问题,或者mdp设置等等影响模拟稳定性问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1

帖子

0

威望

143

eV
积分
144

Level 2 能力者

25#
发表于 Post on 2023-5-16 20:45:54 | 只看该作者 Only view this author
TIO2的参数是那篇文献中给出的,可以给一下吗?

88

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1145

Level 4 (黑子)

26#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-5-17 09:45:04 | 只看该作者 Only view this author
zhanging 发表于 2023-5-16 20:45
TIO2的参数是那篇文献中给出的,可以给一下吗?

Wu X, Hao P, He F, et al. Molecular dynamics simulations of BSA absorptions on pure and formate-contaminated rutile (1 1 0) surface[J]. Applied Surface Science, 2020, 533: 147574.

40

帖子

0

威望

1311

eV
积分
1351

Level 4 (黑子)

27#
发表于 Post on 2023-8-4 22:30:46 | 只看该作者 Only view this author
confidence 发表于 2023-5-17 09:45
Wu X, Hao P, He F, et al. Molecular dynamics simulations of BSA absorptions on pure and formate-co ...

太感谢了,也在做TiO2,请问您是用CHARMM生成TiO2拓扑文件的是吧?

88

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1145

Level 4 (黑子)

28#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-5 10:55:33 | 只看该作者 Only view this author
jim 发表于 2023-8-4 22:30
太感谢了,也在做TiO2,请问您是用CHARMM生成TiO2拓扑文件的是吧?

用sobtop生成itp的

40

帖子

0

威望

1311

eV
积分
1351

Level 4 (黑子)

29#
发表于 Post on 2023-8-5 11:54:54 | 只看该作者 Only view this author

谢谢!我见您最初选择的是CHARMM,但是sobtop中没有,请问您选择下面哪一项呢?
1 Assign UFF atom types for all undetermined atoms
2 Assign GAFF atom types first and then UFF, then go to next step
3 Assign GAFF atom types as much as possible
4 Assign AMBER atom types as much as possible
5 Assign atom types according to the rule in assign_AT.dat file
6 Manually set atom type for selected atoms
7 Make all atom types to undetermined state
9 Show all current atom types on screen
能否加您的QQ详细请教一下?谢谢

88

帖子

0

威望

1057

eV
积分
1145

Level 4 (黑子)

30#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-5 16:24:25 | 只看该作者 Only view this author
jim 发表于 2023-8-5 11:54
谢谢!我见您最初选择的是CHARMM,但是sobtop中没有,请问您选择下面哪一项呢?
1 Assign UFF atom type ...

我最初选择CHARMM力场是想给蛋白生成拓扑文件,最后在sob老师指导下改用了AMBER力场。

至于TiO2的话,就是用了这里的第二项

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 20:03 , Processed in 0.231042 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list