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[GROMACS] 为什么gpu跑md没问题不用gpu就有LINCS WARNING

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同样的文件,一个用的是1 MPI 4 OpenMP 1GPU 一个是用的1MPI 30 OpenMP没启用gpu

但是没启用gpu的就因为LINCS WARNING大于1000报错停止了

这是什么原因那?

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发表于 Post on 2022-10-11 19:14:08 | 只看该作者 Only view this author
不好说,模拟本来就有一定的随机性

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发表于 Post on 2022-10-12 02:11:24 | 只看该作者 Only view this author
跟是否启用GPU没必然关系
如果当前模拟有内在不稳定性(初始结构差、拓扑文件有问题、步长偏大,等等,参看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8),哪怕都是CPU运行,都有可能1 MPI 4 OpenMP和1MPI 30 OpenMP一个LINCS warning一个没问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-12 10:02:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 吧唧爱吃糖 于 2022-10-12 10:04 编辑
sobereva 发表于 2022-10-12 02:11
跟是否启用GPU没必然关系
如果当前模拟有内在不稳定性(初始结构差、拓扑文件有问题、步长偏大,等等,参 ...

嗯嗯,谢谢老师,确实,我都用cpu跑1MPI 4 OpenMPI没问题,但是30 OpenMPI就有LINCS WARNING
另外老师我想请教一下,对于几百上千个分子来说,怎么检验他的初始结构是否足够优秀那?我用的packmol建模

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发表于 Post on 2022-10-12 12:38:34 | 只看该作者 Only view this author
吧唧爱吃糖 发表于 2022-10-12 10:02
嗯嗯,谢谢老师,确实,我都用cpu跑1MPI 4 OpenMPI没问题,但是30 OpenMPI就有LINCS WARNING
另外老师我 ...

看具体体系和问题
至少没有明显不合理接触是总要满足的条件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-13 10:34:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-12 12:38
看具体体系和问题
至少没有明显不合理接触是总要满足的条件

嗷嗷好的,谢谢老师,老师我想问一下gromacs单精度和双精度分别应该在什么情况下使用那?我发现我使用双精度的时候低OpenMPI不报错高OpenMPI报错,但是单精度无论高低都不报错,这是什么原因那?

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发表于 Post on 2022-10-13 10:56:00 | 只看该作者 Only view this author
吧唧爱吃糖 发表于 2022-10-13 10:34
嗷嗷好的,谢谢老师,老师我想问一下gromacs单精度和双精度分别应该在什么情况下使用那?我发现我使用双 ...

跟单、双精度没直接关系

除非做振动分析,或者能量极小化不充分的情况,或者追求更好的短时间内的MD重现性,否则都没必要双精度
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-13 14:53:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 吧唧爱吃糖 于 2022-10-13 15:04 编辑
sobereva 发表于 2022-10-13 10:56
跟单、双精度没直接关系

除非做振动分析,或者能量极小化不充分的情况,或者追求更好的短时间内的MD重 ...

学到了,谢谢老师
老师我还想请教一下,log文件中的Core t代表什么含义那?以及后面的百分比(%)代表什么含义那?以及DD  step 189999 load imb.: force  0.3%中imb F 0.3%是什么含义那?我应该在哪里能找到log文件中关于输出的解释那?

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发表于 Post on 2022-10-13 20:53:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-10-13 20:58 编辑
吧唧爱吃糖 发表于 2022-10-13 14:53
学到了,谢谢老师
老师我还想请教一下,log文件中的Core t代表什么含义那?以及后面的百分比(%)代表什 ...

Core t是cpu内核时间,后面的百分比是与Wall t时间的比值,一般用多少线程并行就是多少。
imb指的是任务分配的imbalance,如果这个数值比较大,就表明任务分配不平衡,有些部分运行较快,需要停下来等运行较慢的部分,这会导致整体效率变低。参考: http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 30812&fromuid=36081
如果你想优化gromacs的运行效率,可以看这个参数,一般情况下不需要知道这些。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-14 14:20:40 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2022-10-13 20:53
Core t是cpu内核时间,后面的百分比是与Wall t时间的比值,一般用多少线程并行就是多少。
imb指的是任务 ...

学到了,感谢大佬

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