淘宝上购买的双路EPYC 7R32 96核服务器的使用感受和杂谈

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-28 03:12:05

413 发表于 2022-12-27 22:07
社长，有个帖子是教指定在某个cpu上的processor上运行作业的，是哪个帖子来着？

对于MPI方式并行的情况：
通过设置CPU内核绑定降低ORCA同时做多任务的耗时
http://sobereva.com/553（http://bbs.keinsci.com/thread-17751-1-1.html）
对CP2K等其它MPI并行的程序同样适用。

如果是Gaussian，可以用%cpu直接设置。对于GROMACS，mdrun也有类似的选项可以直接控制。

Eudaimonia · 发表于 Post on 2022-12-28 16:13:09

请问一下Sob老师cp2k并行的问题
看了那个Orca的博文以后，我模仿创建了CPU1，CPU2文件，格式大体如下

rank 0=localhost.localdomain slot=1:0
rank 1=localhost.localdomain slot=1:1
rank 2=localhost.localdomain slot=1:2
rank 3=localhost.localdomain slot=1:3

然后修改提交cp2k任务的脚本为：
mpirun -np 48 cp2k.popt "-rf /home/name/CPU1.txt" test.inp |tee test.out
提交任务，任务正常运行，此时每步SCF耗时约3s
之后提交类似的第二组任务，将CPU1修改为CPU2即可

但是任务提交后，原先任务每步耗时由3s增加到4-5s，关闭第二组任务后SCF耗时又减少，怀疑绑定CPU核心运行的操作没有成功，请问sob老师我哪里输入出问题了呢？

abin · 发表于 Post on 2022-12-28 18:06:58

Eudaimonia 发表于 2022-12-28 16:13
请问一下Sob老师cp2k并行的问题
看了那个Orca的博文以后，我模仿创建了CPU1，CPU2文件，格式大体如下

用work load manager ，
比如slurm, OpenPBS等。

这里提到的这两个玩意，是开源免费的。

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-29 03:11:16

Eudaimonia 发表于 2022-12-28 16:13
请问一下Sob老师cp2k并行的问题
看了那个Orca的博文以后，我模仿创建了CPU1，CPU2文件，格式大体如下

我直接给你看我在双路7R32上是怎么设的

这是写进.bashrc的语句，运行比如cp2k2 xxx.inp就可以用第2个CPU的48个核计算任务
alias cp2k1='mpirun -np 48 -rf /sob/CPU1.txt cp2k.popt'
alias cp2k2='mpirun -np 48 -rf /sob/CPU2.txt cp2k.popt'

CPU1.txt (1.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

CPU2.txt (1.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

当前主机名就叫7R32

Eudaimonia · 发表于 Post on 2022-12-29 19:11:57

sobereva 发表于 2022-12-29 03:11
我直接给你看我在双路7R32上是怎么设的

这是写进.bashrc的语句，运行比如cp2k2 xxx.inp就可以用第2个C ...

谢谢sob老师
我尝试了一下，运行后终端的名字会改为对应 cp2k -rf ····· 一类的名字，说明应该是正确输入了

但是按照同一个任务的单次SCF时间计算，同时开两个任务（已确定用的是不同的CPU绑定文件）还是会让单次SCF速度下降10-20%，测试下来效果甚至比直接不绑定CPU核心还略差，是我设置的哪里还有问题吗

相关文件见附件：结果中，a，b是直接使用无-rf指令进行并行的；1,2是用该次指令得到的；a，b两个out文件可能并行间隔略久建议观察5步以后的SCF耗时比较靠谱

Eudaimonia · 发表于 Post on 2022-12-29 19:12:19

abin 发表于 2022-12-28 18:06
用work load manager ，
比如slurm, OpenPBS等。

谢谢老师，我去研究一下slurm

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-30 01:40:07

Eudaimonia 发表于 2022-12-29 19:11
谢谢sob老师
我尝试了一下，运行后终端的名字会改为对应 cp2k -rf ····· 一类的名字，说明应该 ...

在我的机子上，分别绑在两个CPU运行两个任务，每个任务的耗时和只在一个CPU上运行一个任务完全相同

faylovesnow · 发表于 Post on 2022-12-30 19:12:25

请问社长，我没有使用主板vga接口，用3070的hdmi口，但是开机一直不显示bios画面，过1分钟左右直接进系统，是怎么回事啊？

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-31 00:49:19

faylovesnow 发表于 2022-12-30 19:12
请问社长，我没有使用主板vga接口，用3070的hdmi口，但是开机一直不显示bios画面，过1分钟左右直接进系统， ...

我目前没在此机子上用过独显
尝试接VGA口

sigma_syaoran · 发表于 Post on 2023-2-7 10:13:34

为什么我的MZ72-HB0进BMC一个传感器都看不到，Sob老师用的1.0还是3.0的板子啊。风扇也没法进行PWM调速。

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-8 05:27:06

sigma_syaoran 发表于 2023-2-7 10:13
为什么我的MZ72-HB0进BMC一个传感器都看不到，Sob老师用的1.0还是3.0的板子啊。风扇也没法进行PWM调速。{:' ...

3.0

我不清楚

hersvim · 发表于 Post on 2023-2-19 19:36:43

janstao 发表于 2022-10-19 20:07
昨天测试了7R32和7T83，今天奉上双路8375C测试结果，供大家参考。三者7R32最快，7T83和8375C用时差不多，基 ...

这个结果估计是有问题的。跑的程序线程数是怎么分配的？
跑相同的线程数下，8375C的性能理应是最好的。不管7R32还是7T83都是打不过的。
EPYC三代对上二代，同频下是有10%以上的提升的。

jinfei1988 · 发表于 Post on 2023-2-26 18:05:16

卢老师，如果在这个配置上加装一个3060显卡（主要是为了保证CFD软件打开较大模型和划分网格时能够显示正常），电源还用海韵1000W可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-27 04:02:14

jinfei1988 发表于 2023-2-26 18:05
卢老师，如果在这个配置上加装一个3060显卡（主要是为了保证CFD软件打开较大模型和划分网格时能够显示正常 ...

应该没问题，但不打绝对包票
电源一般都应当留有明显余量，电源可以工作在最佳状态，转换效率最高

mxh · 发表于 Post on 2023-3-13 16:15:37

卢老师，您好。我们组打算按照您的帖子购置一台这样的服务器，想听一下您的使用感受，这个机器长时间运行任务是否稳定，会不会出现死机和自动关机的情况。

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[使用经验] 淘宝上购买的双路EPYC 7R32 96核服务器的使用感受和杂谈