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[新手求助] 高斯软件计算吉布斯自由能具体流程是什么?

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发表于 Post on 2022-10-19 15:53:13 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
请问各位高斯软件计算吉布斯自由能具体流程是什么?如果以一个简单的水分子为例,该如何计算它在气相和液相下的自由能?

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发表于 Post on 2022-10-19 16:00:54 | 显示全部楼层 Show all
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2022-10-19 16:24:05 | 显示全部楼层 Show all
补充一下:以上链接提到的是如何计算气相里的自由能。
液态水的自由能的计算方法是:(1)计算气相水分子的自由能;(2)按http://sobereva.com/327计算水分子在水里的溶解自由能;(3)做标准态校正,把计算得到的自由能的标准态从1mol/L校正到55.6mol/L
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发表于 Post on 2022-10-19 17:09:34 | 显示全部楼层 Show all
仔细看
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-20 20:44:30 | 显示全部楼层 Show all
感谢大神指点!请问我正常对分子进行了优化和频率计算之后,找到了其输出文件的各种热力学量的参数。随后按照4.3中形成的焓和自由能的一系列公式带入进行计算吗?公式中提到了关于单个原子的的熵和焓,比如说H2O中有H原子和氧原子,原子的熵和焓之类的信息是通过查找表格中的数据直接带入公式中吗?还是需要在Gaussian中在进行相应的计算工作。还请大神不吝赐教

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-20 20:50:25 | 显示全部楼层 Show all
wzkchem5 发表于 2022-10-19 16:24
补充一下:以上链接提到的是如何计算气相里的自由能。
液态水的自由能的计算方法是:(1)计算气相水分子 ...

感谢您的指点。还想请问一下,第三步中的做标准态校正应该如何做?还望大神不吝赐教

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-20 20:50:57 | 显示全部楼层 Show all
zjxitcc 发表于 2022-10-19 16:00
http://gaussian.com/thermo

感谢大神指点!请问我正常对分子进行了优化和频率计算之后,找到了其输出文件的各种热力学量的参数。随后按照4.3中形成的焓和自由能的一系列公式带入进行计算吗?公式中提到了关于单个原子的的熵和焓,比如说H2O中有H原子和氧原子,原子的熵和焓之类的信息是通过查找表格中的数据直接带入公式中吗?还是需要在Gaussian中在进行相应的计算工作。还请大神不吝赐教

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发表于 Post on 2022-10-20 21:47:15 | 显示全部楼层 Show all
learn-GAUSSIAN 发表于 2022-10-20 13:50
感谢您的指点。还想请问一下,第三步中的做标准态校正应该如何做?还望大神不吝赐教

既然你知道了一个物质在1mol/L时的摩尔自由能,自然可以算出这个物质在55.6mol/L时的摩尔自由能。这个属于最基本的热力学内容
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发表于 Post on 2022-10-20 21:51:55 | 显示全部楼层 Show all
learn-GAUSSIAN 发表于 2022-10-20 13:44
感谢大神指点!请问我正常对分子进行了优化和频率计算之后,找到了其输出文件的各种热力学量的参数。随后按 ...

原子的计算必须和分子计算在同样级别下进行(泛函、基组、格点等必须统一;自旋多重度要按原子实际情况,用Hund规则判断以后进行设定;不加溶剂模型,因为原子化自由能需要用气相的原子自由能,即便分子是在溶剂里算的;不要做opt,因为原子没有可优化的核自由度),得到原子的绝对自由能,和分子的绝对自由能相减以后得到分子的原子化自由能。之后可以用原子的标准生成自由能,把分子的原子化自由能换算成分子的标准生成自由能。
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