小分子在Amber中用力场处理后，为什么会改变分子结构？

1145075595 · 发表于 Post on 2022-10-27 15:00:29

我们在chemdraw中绘制了小分子的结构。用Amber中的ff03.r1力场进行预处理后，小分子的结构发生了变化，但我们不知道是什么原因。有老师有处理这种问题的经验么，可以帮忙解答一下么，谢谢老师们了。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-10-27 16:55:14

你别让他优化

1145075595 · 发表于 Post on 2022-10-28 10:55:06

喵星大佬发表于 2022-10-27 16:55
你别让他优化

谢谢~还想问一下，是不能在chemdraw 3D里面优化么

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-28 12:54:11

1145075595 发表于 2022-10-28 10:55
谢谢~还想问一下，是不能在chemdraw 3D里面优化么

问得莫名其妙
你前面说的是Amber，怎么又成了Chem3D
不管什么方法，优化完了总会和一开始不同，除非是一开始的结构本来就是当前级别下优化的结构
如果优化后结构明显变得诡异了，说明当前理论方法或者计算设置有问题

1145075595 · 发表于 Post on 2022-10-28 16:28:55

本帖最后由 1145075595 于 2022-10-28 21:04 编辑

sobereva 发表于 2022-10-28 12:54
问得莫名其妙
你前面说的是Amber，怎么又成了Chem3D
不管什么方法，优化完了总会和一开始不同，除非是 ...

老师好，抱歉没有说的很清楚。我们是打算用Amber做这个小分子和受体蛋白的分子动力学模拟。
我们是先在Chem3D里画了这个小分子的结构，然后在Chem3D里面用默认参数进行了最小化和MD后保存成了pdb格式的文件。
然后在Auto dock做了这个小分子和受体蛋白的分子对接。（这里小分子还没有发生改变）
在用Amber对小分子进行预处理后，小分子的结构被改变了，我们想问一问，为什么小分子的结构会发生变化。
小分子在Amber中的预处理命令如下：

1. antechamber -i 4iso.pdb -fi pdb -o 4iso.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
2. parmchk -i 4iso.mol2 -f mol2 -o 4iso.frcmod
3. $AMBERHOME/bin/tleap -s -f $AMBERHOME/dat/leap/cmd/leaprc.protein.ff03.r1
4. source leaprc.gaff
5: 3Z = loadmol2 4iso.mol2
6: check 3Z
7: loadamberparams 4iso.frcmod
8: saveoff 3Z 3Z.lib
9: saveamberparm 3Z 4iso.prmtop 4iso.inpcrd
quit

sylar · 发表于 Post on 2022-10-28 16:35:09

结构变化和Amber没有关系，你的操作没有涉及到用Amber优化的地方

1145075595 · 发表于 Post on 2022-10-31 15:20:38

sylar 发表于 2022-10-28 16:35
结构变化和Amber没有关系，你的操作没有涉及到用Amber优化的地方

谢谢了，我再看看是不是其它原因吧

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