对于酶促反应 QM/MM与QM/MM-MD得到的能垒哪个更有代表性

sylar · 发表于 Post on 2022-10-31 09:44:04

请教一下各位老师两个问题，1.酶催化的QM/MM，不同的snapshot会得到不同的能垒，这一问题如何解决，选择最低的吗？但实际上还有能垒更低的snapshot？
2.对于酶促反应，QM/MM这样定位过渡态得到的能垒与QM/MM-MD使用metaMD得到的能垒，两者哪一个更能体现酶的Kcat？

我个人理解是QM/MM片面一些，QM/MM-MD使用metaMD相对更平均，这个理解是否正确？谢谢各位老师！

函数与激情 · 发表于 Post on 2022-10-31 10:02:13

我想你的理解是正确的，在收敛的前提下，metadynamics动力学计算的自由能更准确，QM/MM计算毕竟是静态的结果，计算的结果对snapshot初始构型依赖略大，不过可以多做几组计算误差

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[综合交流] 对于酶促反应 QM/MM与QM/MM-MD得到的能垒哪个更有代表性