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[辅助/分析程序] 自动生成用于计算方法测评的GJF文件的Python脚本

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BSJ Institute

发表于 Post on 2022-10-31 15:40:36 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 Accelerator 于 2022-10-31 15:40 编辑

当研究一些有挑战性的问题时,经常需要针对该问题进行计算方法的测评。Autobench.py是用于自动生成相关gjf文件的脚本。
Autobench.py需要3个输入文件。一个gjf文件模板(假如叫做template.txt),内容如下:
  1. %mem=48GB
  2. %nprocshared=36
  3. # {kwd} g09default

  4. Title Card Required

  5. {spin}
  6. {coord}


复制代码
其中使用{kwd}标注需要进行替换的关键字,通过{spin}和{coord}分别标注电荷/自旋多重度以及几何坐标的位置,将被程序自动替换。
一个坐标文件(假如叫做coord.txt),示例如下:
  1. C                 -0.59675200   -0.00225300   -0.00003400
  2. C                  0.94050100    0.15220300   -0.00005800
  3. O                  1.48627700    1.21585600   -0.00002100
  4. O                  1.51265400   -1.03469800   -0.00004600
  5. H                  2.47802700   -0.92900600    0.00009000
  6. F                 -1.17641100    1.18600500   -0.00096900
  7. F                 -0.99691500   -0.67275600   -1.07770200
  8. F                 -0.99689300   -0.67102200    1.07878100
复制代码
一个关键字文件(假如叫做kwds.txt),示例如下:
  1. b3lyp em=gd3bj def2tzvp
  2. m062x def2tzvp
  3. mn15 def2tzvp
  4. m11 def2tzvp
  5. wb97xd def2tzvp
复制代码

运行如下命令,就会在当前目录下输出电荷/自旋多重度为0/1,文件名为name_xxx_xxx.gjf的一系列输入文件:
  1. python3 autobench.py template.txt coordinate.txt kwds.txt 0 1 name
复制代码
autobench.zip (1.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

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