结构S0opt后，出现连接的情况。

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-5-23 15:55:09

优于一个结构S0 opt+freq
由于结构如图（2）的右边部分比较拥挤，调整后如图（1）。
opt+freq有产生了氢原子连接的情况如图（2）右边部分。

请教一下这个分子的gjf如何构建（在gv中）。我感觉我的初始gjf已近调整的不错了，因为右边咔唑芴基团特别拥挤。不太好调整。

谢谢！

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-5-23 16:03:08

首先constrain到C2对称性上，断开73-76，旋转6-5-74-75，重新连接73-76并调整73-76键长，即可得到一个比较合理的初猜

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-23 16:25:48

这种情况你也可以先设好连接关系，然后用分子力场优化一下让结构自发调整。

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-5-24 09:15:21

liyuanhe211 发表于 2016-5-23 16:03
首先constrain到C2对称性上，断开73-76，旋转6-5-74-75，重新连接73-76并调整73-76键长，即可得到一个 ...

谢谢！我试试，没有这么调整过！

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-5-24 09:29:43

sobereva 发表于 2016-5-23 16:25
这种情况你也可以先设好连接关系，然后用分子力场优化一下让结构自发调整。

谢谢老师！
你的“先设好连接关系”是否就像我的gjf文件一下，先将各个键连接好？
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-5-24 15:50:20

yezhonghua 发表于 2016-5-24 09:29
谢谢老师！
你的“先设好连接关系”是否就像我的gjf文件一下，先将各个键连接好？
谢谢！

是

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-5-24 16:57:09

yezhonghua 发表于 2016-5-24 09:15
谢谢！我试试，没有这么调整过！

谢谢，我通过你的方法可以了，但是这个对称性限制能起到什么作用呢？

yezhonghua · 发表于 Post on 2016-5-24 16:57:47

sobereva 发表于 2016-5-24 15:50
是

谢谢sober老师。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-5-24 18:20:14

yezhonghua 发表于 2016-5-24 16:57
谢谢，我通过你的方法可以了，但是这个对称性限制能起到什么作用呢？

因为懒，让两边一起动，否则得做两遍。PS. 回复我，不要回复你自己→_→

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[Gaussian/gview] 结构S0opt后，出现连接的情况。