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[GROMACS] 求助:用INTERFACE力场能量最小化tpr文件无法正常生成问题

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楼主
各位老师好,我尝试用INTERFACE力场构建了一个体系,因为小体系跑过一次力场应该没问题。我换了一个大体系,到能量最小化步骤时,tpr无法生成。界面如下。几句话就没了,没有任何提示,也没有格言。想请教各位老师,出现这种情况一般是哪里出了问题呢?十分感谢!

                      :-) GROMACS - gmx grompp, 2019.5 (-:

                            GROMACS is written by:
     Emile Apol      Rossen Apostolov      Paul Bauer     Herman J.C. Berendsen
    Par Bjelkmar      Christian Blau   Viacheslav Bolnykh     Kevin Boyd
Aldert van Buuren   Rudi van Drunen     Anton Feenstra       Alan Gray
  Gerrit Groenhof     Anca Hamuraru    Vincent Hindriksen  M. Eric Irrgang
  Aleksei Iupinov   Christoph Junghans     Joe Jordan     Dimitrios Karkoulis
    Peter Kasson        Jiri Kraus      Carsten Kutzner      Per Larsson
  Justin A. Lemkul    Viveca Lindahl    Magnus Lundborg     Erik Marklund
    Pascal Merz     Pieter Meulenhoff    Teemu Murtola       Szilard Pall
    Sander Pronk      Roland Schulz      Michael Shirts    Alexey Shvetsov
   Alfons Sijbers     Peter Tieleman      Jon Vincent      Teemu Virolainen
Christian Wennberg    Maarten Wolf
                           and the project leaders:
        Mark Abraham, Berk Hess, Erik Lindahl, and David van der Spoel

Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.
Copyright (c) 2001-2018, The GROMACS development team at
Uppsala University, Stockholm University and
the Royal Institute of Technology, Sweden.
check out http://www.gromacs.org for more information.

GROMACS is free software; you can redistribute it and/or modify it
under the terms of the GNU Lesser General Public License
as published by the Free Software Foundation; either version 2.1
of the License, or (at your option) any later version.

GROMACS:      gmx grompp, version 2019.5
Executable:   D:\gmx2019.5_GPU\bin\gmx.exe
Data prefix:  D:\gmx2019.5_GPU
Working dir:  E:\MD\pep
Command line:
  gmx grompp -f minim.mdp -c water1.gro -o water.tpr -n index.ndx -p topol.top

Replacing old mdp entry 'nstxtcout' by 'nstxout-compressed'

NOTE 1 [file minim.mdp]:
  You are applying a switch function to vdw forces or potentials from 0 to
  1 nm, which is more than half the interaction range, whereas switch
  functions are intended to act only close to the cut-off.

Setting the LD random seed to 226648481
Generated 25122 of the 25200 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 1
Generated 22005 of the 25200 1-4 parameter combinations

E:\MD\pep>




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发表于 Post on 2022-11-3 09:18:55 | 只看该作者 Only view this author
有的时候是程序bug,也有可能是windows版兼容性/编译问题,有的时候是输入文件有硬伤,导致崩溃。
建议先用linux版看看情况,哪怕出个segmentation fault,也不至于什么都不说就自动退出
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-3 14:50:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-3 09:18
有的时候是程序bug,也有可能是windows版兼容性/编译问题,有的时候是输入文件有硬伤,导致崩溃。
建议先 ...

谢谢sob老师解答,我去linux下试试。

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