使用Gromacs后，gmx_MMPBSA的问题分享

AaronBlacknine · 发表于 Post on 2025-4-1 14:19:06

艾小野发表于 2024-5-23 17:28
楼主您好，我目前也是在用gmx_MMPBSA来分析蛋白质和配体之间的结合能分析，MD模拟中蛋白质是用的Amber14sb_ ...

请问您解决了吗，最后如何解决的，我也出现了同样的问题

yixiansheng · 发表于 Post on 2025-4-15 20:38:27

关于时间DE 发表于 2024-9-20 20:08
估计是拓扑的top或者itp出问题了，用winscp远程传文件到服务器的

您好，请问这个问题您解决了吗，我也是windows穿到linux系统上的文件，一直报错这个

xbzxx · 发表于 Post on 2025-4-30 10:20:18

有人遇到过这个问题么gmx trjconv failed when querying md.xtc
Check the gmx_MMPBSA.log file to report the problem.
Exiting. All files have been retained.

艾小野 · 发表于 Post on 2025-6-6 11:40:46

AaronBlacknine 发表于 2025-4-1 14:19
请问您解决了吗，最后如何解决的，我也出现了同样的问题

我解决了，我是因为topol.top文件中力场和itp等文件都是访问路径，但是可能是我安装的问题，没法访问，所以说找不到，然后我就把使用力场中相对应的键、非键、水、离子这些文件都粘贴到工作文件夹下，然后再把topol.top文件中这些文件的访问路径前缀删掉，只剩文件名，就解决了，不知道可不可以解决你的问题

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