谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-15 22:32:20

guoxh 发表于 2021-7-15 13:39
sob老师：

您好，我是一个学习理论计算的硕士研究生，可以请教您一下关于分子溶解自由能计算的一些细节 ...

看你贴的链接的2(6)节就知道了，溶剂化熵不需要单独考虑。
但是审稿人说的第一配位层是否要加，这个需要结合你的体系来考虑，如果溶质和溶剂分子之间有比较强的氢键、静电相互作用或配位作用，那么需要用显式溶剂模型考虑第一配位层

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-16 15:52:13

guoxh 发表于 2021-7-15 20:39
sob老师：

您好，我是一个学习理论计算的硕士研究生，可以请教您一下关于分子溶解自由能计算的一些细节 ...

在文章里强调清楚你的溶解自由能的计算过程，并且引用Truhlar的SMD的原文。
并且说明，溶解自由能里面的熵效应在SMD模型拟合非极性部分参数的时候已经等效体现在参数里面了，所以直接用SMD模型按照作者的方式（即我博文里的方式）去计算溶解自由能，就已经能恰当地把熵效应等效表现出来了。

guoxh · 发表于 Post on 2021-7-16 16:16:25

sobereva 发表于 2021-7-16 15:52
在文章里强调清楚你的溶解自由能的计算过程，并且引用Truhlar的SMD的原文。
并且说明，溶解自由能里面的 ...

好哒，谢谢老师

guoxh · 发表于 Post on 2021-7-16 16:25:28

wzkchem5 发表于 2021-7-15 22:32
看你贴的链接的2(6)节就知道了，溶剂化熵不需要单独考虑。
但是审稿人说的第一配位层是否要加，这个需要 ...

好哒，谢谢

Qing · 发表于 Post on 2021-8-5 10:02:01

sob老师，我想请教一下，如果我想要研究的是单个离子（比如钠离子），在水溶剂中逐步与水分子形成团簇Na(H2O)n+过程中每一步的自由能变化，那么在第一步(Na+)+H2O=Na(H2O)+这个反应的自由能计算过程中，是否能对Na+采用您这篇帖子里介绍的方法结合scrf(smd,solvent=water)计算其溶解自由能呢，如果不行的话想请问老师怎么计算(Na+)+H2O=Na(H2O)+这个反应在水溶液中的自由能变化呢

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-6 08:06:02

Qing 发表于 2021-8-5 10:02
sob老师，我想请教一下，如果我想要研究的是单个离子（比如钠离子），在水溶剂中逐步与水分子形成团簇Na(H2 ...

这实际上只是一个完全虚构的过程。对于当前目的，考察每一步的自由能变化，倒是可以

Qing · 发表于 Post on 2021-8-6 08:26:17

sobereva 发表于 2021-8-6 08:06
这实际上只是一个完全虚构的过程。对于当前目的，考察每一步的自由能变化，倒是可以

好的，谢谢sob老师

dnlx · 发表于 Post on 2022-1-19 09:34:05

请教各位：卢老师说“计算某分子在乙醇中的溶解自由能，就用比如# M052X/6-31G* scrf(SMD,solvent=ethanol)计算得到的单点能，减去# M052X/6-31G*计算得到的单点能”，那么用ORCA是不是可以这样计算：用DLPNO-CCSD(T) + SMD得到的单点能（优化时用SMD，计算DLPNO-CCSD(T)时也用SMD），减去不用SMD得到的DLPNO-CCSD(T)单点能（优化时不用SMD，计算DLPNO-CCSD(T)时也不用SMD），就得到溶解自由能？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-19 09:55:17

dnlx 发表于 2022-1-19 09:34
请教各位：卢老师说“计算某分子在乙醇中的溶解自由能，就用比如# M052X/6-31G* scrf(SMD,solvent=ethanol) ...

不建议这样
文中明确说了SMD在M05-2X/6-31G*下计算溶解自由能精度是最好的，结合DLPNO-CCSD(T)来用精度如何没法估计，被质疑都不好回答

Lyy1 · 发表于 Post on 2022-2-23 20:18:00

老师您好，我研究的是一个电子包合物，文献中“需要通过PCM 模型采用介电常数ε = 3.2 来模拟周围的冰环境”来看该条件下它的稳定情况，想问下老师这里应该如何设置这个冰环境？

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-24 11:26:56

Lyy1 发表于 2022-2-23 20:18
老师您好，我研究的是一个电子包合物，文献中“需要通过PCM 模型采用介电常数ε = 3.2 来模拟周围的冰环境 ...

自定义溶剂
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

作业抄 · 发表于 Post on 2022-3-1 17:02:43

本帖最后由作业抄于 2022-3-1 17:06 编辑

老师您好，我所研究的方向为钠离子电池电解液方向，比较常用到的就是Na+的脱溶剂化能。您在博文里所提到的物质的溶解自由能可以理解为我的Na盐溶解到电解液溶剂中并与周围的溶剂分子形成溶剂化结构所需要的能量，而脱溶剂化过程是Na+与周围的溶剂化分子分离。我想问的是，这里的溶解自由能与脱溶剂化过程所需要的能量是否是互为相反数，谢谢老师

作业抄 · 发表于 Post on 2022-3-1 17:10:39

本帖最后由作业抄于 2022-3-1 17:12 编辑

请问老师，利用隐形模型是否可以算出不同温度下的溶解自由能，博文中的两种说法是否是矛盾的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-1 17:19:11

作业抄发表于 2022-3-1 10:10
请问老师，利用隐形模型是否可以算出不同温度下的溶解自由能，博文中的两种说法是否是矛盾的

不矛盾。第一张图是说得到精确的不同温度下的溶解自由能没戏，第二张图是说，在假设溶解自由能受温度的影响可忽略不计的情况下，可以近似地得到总自由能。两张图说的一个是溶解自由能，一个是总自由能，而且一个是不能精确计算、一个是可以近似计算。

作业抄 · 发表于 Post on 2022-3-1 17:28:17

wzkchem5 发表于 2022-3-1 17:19
不矛盾。第一张图是说得到精确的不同温度下的溶解自由能没戏，第二张图是说，在假设溶解自由能受温度的影 ...

谢谢老师，我明白了

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[综合交流] 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

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