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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

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发表于 Post on 2024-11-12 19:51:59 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2025-5-8 18:08:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一条君 于 2025-5-8 18:13 编辑

老师,我要对比四氢呋喃和四氢吡喃 两种环醚的分子轨道,氧化电位,断键反应能等,smd溶剂模型里只有四氢呋喃的参数。
这种两个结构很相似的情况下,是用PCM去自定义介电常数更准确,还是两个都选取smd已有的四氢呋喃参数去计算呢,谢谢老师
(介电常数:四氢呋喃 7.6;四氢吡喃5.7)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-9 00:27:43 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2025-5-8 18:08
老师,我要对比四氢呋喃和四氢吡喃 两种环醚的分子轨道,氧化电位,断键反应能等,smd溶剂模型里只有四氢呋 ...

如果只是横向对比,建议不考虑非极性部分,要不然会有偏向性,用IEFPCM结合各自的介电常数就够了。如果算反应能的绝对值,那就用四氢呋喃的非极性参数凑合。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-5-18 22:05:26 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,审稿人问到了溶剂效应,但是我们并没有考虑,应该如何回复(做的是过渡金属加水分子前后的影响,但是实验是在真空条件下进行的)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-18 23:04:33 | 只看该作者 Only view this author
JJG 发表于 2025-5-18 22:05
老师您好,审稿人问到了溶剂效应,但是我们并没有考虑,应该如何回复(做的是过渡金属加水分子前后的影响, ...

既然实验是真空的就明确告诉审稿人,没必要考虑溶剂效应
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发表于 Post on 2025-11-24 22:16:29 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我想问一下文献中计算了在气相和溶剂效应下某分子逐步与Li原子相互作用的ΔG,这里计算气相下ΔG需要特定的方法吗,还是就是结构优化然后计算高精度单点能就行,感谢老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-25 07:54:34 | 只看该作者 Only view this author
wang0108 发表于 2025-11-24 22:16
老师们好,我想问一下文献中计算了在气相和溶剂效应下某分子逐步与Li原子相互作用的ΔG,这里计算气相下ΔG ...

算涉及到的各个物质的自由能,然后求差,不会算自由能的话参考
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

PS:在北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KEQC)里有各种热力学量的背景知识和计算方法的特别系统的讲授
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发表于 Post on 2025-11-25 18:13:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-25 07:54
算涉及到的各个物质的自由能,然后求差,不会算自由能的话参考
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分 ...

感谢Sob老师

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发表于 Post on 2025-12-21 10:31:43 | 只看该作者 Only view this author
sob老师好,我刚看完楼上所有的帖子,但是对于氢离子、钠离子这些单原子离子的溶解自由基计算有些困惑。
以氢离子为例,气相中的氢离子的能量可以用推荐的G4直接获得
对于溶解自由能,按照图中的公式,使用一个显示分子,这里面的Gsol(HA+),Gsol(A)和Ggas(H+)是直接用M05-2X(M06-2X)/6-31G* + SMD 计算得到的能量再相减,还是按照低级别获得零点校正能+高级别获得单点能分别得到图中的Gsol(HA+),Gsol(A)和Ggas(H+)

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