在模拟超临界CO2这方面gmx不适用吗

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-11-10 18:27:58

本帖最后由高处裹棉被于 2022-11-10 18:46 编辑

各位老师好，我最近一直在用gromacs进行CO2在临界点以上的密度模拟，

用sob老师给的EPM2模型，和mdp文件，设置一个初始密度-压力得到结果，

进行了多次尝试甚至找了淘宝代算，但与实验值偏差一直很大，

而文献采用lammps进行模拟得到了接近的结果，想请问会是因为gromacs软件本身对刚体模型的算法就不太行的原因吗？但我也明明有看到做超临界CO2混合体系采用gromacs软件的

谢谢各位老师解答

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-10 20:09:42

GROMACS完全适用，亲自算过，不要怀疑程序

tjuptz · 发表于 Post on 2022-11-10 22:41:52

可能用的力场不一样

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-11-11 11:30:18

tjuptz 发表于 2022-11-10 22:41
可能用的力场不一样

谢谢老师回答，

用的力场是一样的，我参照的原文献DOI：https://doi.org/10.1016/j.fluid.2014.02.001是用了lammps对7种不同CO2模型进行密度模拟比较的

名字长的厉害 · 发表于 Post on 2023-12-25 13:40:18

同学请问你的问题解决了吗，我在用sob老师的itp文件用gromacs测试超临界二氧化碳的密度时也发现算不准，是哪里出问题了呢

ilovelr · 发表于 Post on 2024-1-1 00:41:41

名字长的厉害发表于 2023-12-25 13:40
同学请问你的问题解决了吗，我在用sob老师的itp文件用gromacs测试超临界二氧化碳的密度时也发现算不准，是 ...

与实际相比本来就不准，如果是与文献相比的话，这篇文献是用LAMMPS做的，EPM2采用的是刚体模型（fix rigid/small），而gromacs里是由键角约束的

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-1-1 19:05:29

ilovelr 发表于 2024-1-1 00:41
与实际相比本来就不准，如果是与文献相比的话，这篇文献是用LAMMPS做的，EPM2采用的是刚体模型（fix rigi ...

约束算法不至于影响这么大，以我使用这两个软件的经验，差异主要在于库伦和LJ计算的截断半径导致的，可以试试增大到15埃。

ilovelr · 发表于 Post on 2024-1-1 21:43:02

slxc920113 发表于 2024-1-1 19:05
约束算法不至于影响这么大，以我使用这两个软件的经验，差异主要在于库伦和LJ计算的截断半径导致的，可以 ...

一样的截断半径，对于超临界CO2，在lammps里用ridig/small与gromacs里用lincs算的，差距还是蛮大的，我用lammps算的和文献基本一致。一个比较明显的现象就是压浴的时候gromacs tau-p设置的小了就非常容易炸，而lammps很稳定。不知道在gromas里还有什么参数需要注意

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2024-1-2 00:09:21

ilovelr 发表于 2024-1-1 21:43
一样的截断半径，对于超临界CO2，在lammps里用ridig/small与gromacs里用lincs算的，差距还是蛮大的，我用 ...

看这个TRAPPE_small力场包
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2&fromuid=35442

ilovelr · 发表于 Post on 2024-1-2 14:48:17

高处裹棉被发表于 2024-1-2 00:09
看这个TRAPPE_small力场包
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=36352&fromuid=35442
...

用这个TRAPPE参数是没问题的，我也测试了和LAMMPS（rigid/small）一样的，EPM2差异很大

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-1-9 04:38:25

ilovelr 发表于 2024-1-2 14:48
用这个TRAPPE参数是没问题的，我也测试了和LAMMPS（rigid/small）一样的，EPM2差异很大

3原子共线的分子如果要用刚体模型必须修改原子定义方式，变为等转动惯量的双原子模型，如同我提供的CO2拓扑文件那样。gmx中提供的约束算法是不可能处理3原子共线的刚体的

lmch · 发表于 Post on 2024-1-10 20:30:53

喵星大佬发表于 2024-1-9 04:38
3原子共线的分子如果要用刚体模型必须修改原子定义方式，变为等转动惯量的双原子模型，如同我提供的CO2拓 ...

请问，使用虚拟位点约束的话，是只需要在分子中心两侧各设置一个等距的位点约束三键就行吗？

我记得trappe，epm2这几个co2的力场参数几乎一致，光看数据形式，带小数的epm2貌似更合理一些，

liululu · 发表于 Post on 2024-3-27 19:35:06

lmch 发表于 2024-1-10 20:30
请问，使用虚拟位点约束的话，是只需要在分子中心两侧各设置一个等距的位点约束三键就行吗？

我记得tr ...

你好，我想问一下,CO2的EMP2三点模型意思就是使用的EMP2力场？不太懂，希望得到您的解答

liululu · 发表于 Post on 2024-3-27 20:36:45

喵星大佬发表于 2024-1-9 04:38
3原子共线的分子如果要用刚体模型必须修改原子定义方式，变为等转动惯量的双原子模型，如同我提供的CO2拓 ...

您好，可以分享一下EMP2势CO2的top文件吗？在top文件中[defaults]选项内容不知道该如何写？

lmch · 发表于 Post on 2024-3-28 01:17:57

liululu 发表于 2024-3-27 20:36
您好，可以分享一下EMP2势CO2的top文件吗？在top文件中[defaults]选项内容不知道该如何写？

参考11楼大佬的帖子

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[GROMACS] 在模拟超临界CO2这方面gmx不适用吗

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