给老爷机离线安装CP2K-2022.2的笔记

Oxygen

冰释之川 发表于 2022-11-24 13:42
我提供的是gcc9.3啊，你这怎么是gcc7?

因为之前安装高版本的时候报过错，所以想着先试一下低版本的。刚才又试了9.3.0的安装，报了同样的错误：

1. forrtl: No such file or directory
   
2. forrtl: severe (29): file not found, unit 1, file /backup/home/wsr/softpackge/gcc-9.3.0/gcc-9.3.0/x86_64-pc-linux-gnu/libgcc/sh.inp
   
3. Image              PC                Routine            Line        Source            
   
4. sh                 00000000009F8D1D  Unknown               Unknown  Unknown
   
5. sh                 00000000009F7825  Unknown               Unknown  Unknown
   
6. sh                 000000000099F0C0  Unknown               Unknown  Unknown
   
7. sh                 000000000094904F  Unknown               Unknown  Unknown
   
8. sh                 0000000000948882  Unknown               Unknown  Unknown
   
9. sh                 000000000095969D  Unknown               Unknown  Unknown
   
10. sh                 00000000004207A0  Unknown               Unknown  Unknown
    
11. sh                 0000000000401F5C  Unknown               Unknown  Unknown
    
12. sh                 0000000000A035F1  Unknown               Unknown  Unknown
    
13. sh                 0000000000401E21  Unknown               Unknown  Unknown
    
14. make[3]: *** [install-unwind_h-forbuild] Error 29

复制代码

冰释之川

Oxygen 发表于 2022-11-24 16:15
因为之前安装高版本的时候报过错，所以想着先试一下低版本的。刚才又试了9.3.0的安装，报了同样的错 ...

你这报错信息太少了，贴全一点，我都看不出No such file or directory 是指啥目录

Oxygen

冰释之川 发表于 2022-11-24 16:42
你这报错信息太少了，贴全一点，我都看不出No such file or directory 是指啥目录

好的,完整的报错信息如下：

1. dest=../../host-x86_64-pc-linux-gnu/gcc/include/tmp$-unwind.h; \
   
2.         cp unwind.h $dest; \
   
3.         chmod a+r $dest; \
   
4.         sh ../.././libgcc/../move-if-change $dest ../../host-x86_64-pc-linux-gnu/gcc/include/unwind.h
   
5. forrtl: No such file or directory
   
6. forrtl: severe (29): file not found, unit 1, file /backup/home/wsr/softpackge/gcc-9.3.0/gcc-9.3.0/x86_64-pc-linux-gnu/libgcc/sh.inp
   
7. Image              PC                Routine            Line        Source            
   
8. sh                 00000000009F8D1D  Unknown               Unknown  Unknown
   
9. sh                 00000000009F7825  Unknown               Unknown  Unknown
   
10. sh                 000000000099F0C0  Unknown               Unknown  Unknown
    
11. sh                 000000000094904F  Unknown               Unknown  Unknown
    
12. sh                 0000000000948882  Unknown               Unknown  Unknown
    
13. sh                 000000000095969D  Unknown               Unknown  Unknown
    
14. sh                 00000000004207A0  Unknown               Unknown  Unknown
    
15. sh                 0000000000401F5C  Unknown               Unknown  Unknown
    
16. sh                 0000000000A035F1  Unknown               Unknown  Unknown
    
17. sh                 0000000000401E21  Unknown               Unknown  Unknown
    
18. make[3]: *** [install-unwind_h-forbuild] Error 29
    
19. make[3]: Leaving directory `/backup/home/wsr/softpackge/gcc-9.3.0/gcc-9.3.0/x86_64-pc-linux-gnu/libgcc'
    
20. make[2]: *** [all-stage1-target-libgcc] Error 2
    
21. make[2]: Leaving directory `/backup/home/wsr/softpackge/gcc-9.3.0/gcc-9.3.0'
    
22. make[1]: *** [stage1-bubble] Error 2
    
23. make[1]: Leaving directory `/backup/home/wsr/softpackge/gcc-9.3.0/gcc-9.3.0'
    
24. make: *** [all] Error 2
    
25. make[1]: Entering directory `/backup/home/wsr/softpackge/gcc-9.3.0/gcc-9.3.0'
    
26. /bin/sh ./mkinstalldirs /backup/home/wsr/software/gcc-9.3.0//gcc-9.3.0 /backup/home/wsr/software/gcc-9.3.0//gcc-9.3.0
    
27. mkdir -p -- /backup/home/wsr/software/gcc-9.3.0//gcc-9.3.0 /backup/home/wsr/software/gcc-9.3.0//gcc-9.3.0
    
28. make[2]: Entering directory `/backup/home/wsr/softpackge/gcc-9.3.0/gcc-9.3.0/host-x86_64-pc-linux-gnu/fixincludes'
    
29. make[2]: *** No rule to make target `install'.  Stop.
    
30. make[2]: Leaving directory `/backup/home/wsr/softpackge/gcc-9.3.0/gcc-9.3.0/host-x86_64-pc-linux-gnu/fixincludes'
    
31. make[1]: *** [install-fixincludes] Error 2
    
32. make[1]: Leaving directory `/backup/home/wsr/softpackge/gcc-9.3.0/gcc-9.3.0'
    
33. make: *** [install] Error 2
    

复制代码

冰释之川

Oxygen 发表于 2022-11-24 17:01
好的,完整的报错信息如下：

你是不是gcc-9.3.0.tar.gz没下载完整？感觉像是漏了文件。。。

牧生

如果装了rockylinux9，又嫌gcc太高的话，那么，是不是可以用该方法降级gcc呢？

冰释之川

牧生 发表于 2022-11-26 15:12
如果装了rockylinux9，又嫌gcc太高的话，那么，是不是可以用该方法降级gcc呢？

可以

han-

冰释之川 发表于 2022-11-24 13:42
我提供的是gcc9.3啊，你这怎么是gcc7?

老师，我在进行二（3）的时候 显示没有权限 怎么办呢？

冰释之川

han- 发表于 2022-11-26 15:40
老师，我在进行二（3）的时候 显示没有权限 怎么办呢？

如果没可执行权限，给这个文件添加可执行权限： chmod +x  

han-

冰释之川 发表于 2022-11-26 16:17
如果没可执行权限，给这个文件添加可执行权限： chmod +x

老师 我加上在之后出现了下面的报错（我下载的是centos8）:
WARNING: (./install_cp2k_toolchain.sh, line 332) No MPI installation detected (ignore this message in Cray Linux Environment or when MPI installation was requested).
Compiling with 4 processes.
==================== Finding GCC from system paths ====================
path to gcc is /usr/bin/gcc
ERROR: (./scripts/stage0/install_gcc.sh) Cannot find g++, please check if the package gcc is installed or in system search path
[root@localhost build]#

冰释之川

han- 发表于 2022-11-26 16:32
老师 我加上在之后出现了下面的报错（我下载的是centos8）:
WARNING: (./install_cp2k_toolchain.sh, li ...

系统里没装gcc，需要安装

乐平

乐平 发表于 2022-11-20 15:08
我不是第一次编译 CP2K 了……
不这样设置的话，ssmp 测试也不可能通过呀

又折腾了两天，发现更诡异的情况。

用相同的 PBS 脚本（当然，核心数和队列要修改），相同的输入文件，44 core 的节点能运行，40 core 的节点却一直报上一个帖子里的错……

han-

冰释之川 发表于 2022-11-26 16:35
系统里没装gcc，需要安装

老师 我在激活gcc的时候一直显示 没有此文件，但是文件名称路径没问题呀
[root@localhost gcc_install]# source ~/softwares/gcc9/env.sh
bash: /root/softwares/gcc9/env.sh: 没有那个文件或目录
[root@localhost gcc_install]#

冰释之川

han- 发表于 2022-11-26 17:10
老师 我在激活gcc的时候一直显示 没有此文件，但是文件名称路径没问题呀
[root@localhost gcc_install]# ...

你都没装完gcc 9.3 当然没有这个文件咯

冰释之川

乐平 发表于 2022-11-26 17:04
又折腾了两天，发现更诡异的情况。

用相同的 PBS 脚本（当然，核心数和队列要修改），相同的输入文件 ...

估计是你们这边集群配置的问题，而且基本上和mpi相关的

han-

冰释之川 发表于 2022-11-26 17:21
你都没装完gcc 9.3 当然没有这个文件咯

老师 我已经按步骤安装了gcc了呀，激活出现这个是因为安装出问题了吗