给老爷机离线安装CP2K-2022.2的笔记

LIEL

wxhwbh 发表于 2023-2-26 19:08
测试了一下，如果系统同时有intel全家桶时，./install_cp2k_toolchain.sh这一步按楼主给的选项的话脚本不会 ...

您好，我的用脚本安装完以后，gcc和g++都没问题，但是gfortran却不行，按照您的建议在脚本里加了--with-gcc=system --with-intel=no（不知道加的对不对），gfortran还是没成功，想请教一下是哪出问题了。
ps：我在管理节点编译器的安装和CP2K的编译均没问题，但是一旦在计算节点运行CP2K就出现“cp2k.ssmp: error while loading shared libraries: libgfortran.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory”的错误。

wxhwbh

LIEL 发表于 2023-2-28 21:00
您好，我的用脚本安装完以后，gcc和g++都没问题，但是gfortran却不行，按照您的建议在脚本里加了--with-g ...

我没看懂你说的“gfortran没成功”是什么意思。如果你是按照楼主给的gcc安装步骤的话gfortran应该也一并安装的。后面编译没问题就是编译成功了。
你在计算节点运行失败是因为你没有加载gfortran的库文件，在你的计算脚本里加上source ~/softwares/gcc9/env.sh（改成你自己安装gcc的路径）再试试。

LIEL

wxhwbh 发表于 2023-2-28 21:11
我没看懂你说的“gfortran没成功”是什么意思。如果你是按照楼主给的gcc安装步骤的话gfortran应该也一并 ...

非常感谢您的回复，不好意思我没看清楚，按照楼主的方法，显示如图所示报错；然后我尝试单独安装几个依赖库，出现了“configure: error: No usable m4 in $PATH or /usr/5bin (see config.log for reasons)”这个错误，因为我没管理员权限，想请问是不是就是m4没装的问题呀。

redhead

找到libgfortran.so.5的路径（例如"/usr/lib64/"），运行任务时加载该路径就行了。

yaoyuan0711

cd /home/yaoyuan/software/cp2k-2022.2/exe/local; ln -sf cp2k.psmp cp2k_shell.psmp
cd /home/yaoyuan/software/cp2k-2022.2/exe/local; ln -sf cp2k.psmp cp2k.popt
make[3]: warning:  Clock skew detected.  Your build may be incomplete.
make[2]: warning:  Clock skew detected.  Your build may be incomplete.

请问大神，按照您的教程前面都顺利编译好了，到最后出现一个时钟偏移的报警，这是因为什么？

Zhangpc

很奇怪，按楼主的一楼教程装好后有的计算节点能正常跑，有的不能跑（输出文件都是空的），不知道是咋回事...

yu_980630

我在部署工具链的时候出现了图中的提示，其他的安装包都是正常安装，只有安装ELPA时有这种提示，没有像楼主那样正常结束的文字提示，请问后续还能编译cp2k吗，有没有什么影响？

hehuijie

乐平 发表于 2022-11-19 17:43
怀着试一试的心情在 CentOS 7 系统（GCC 已经升级到 9.3.0）编译了 CP2K 2022.2。编译过程比以往 CP2K 8.1, ...

请问解决了嘛 我也遇到了同样的错误，安装库和编译都很顺利，但是psmp测试报错
*************************** Testing started ****************************
--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpiexec noticed that process rank 1 with PID 0 on node master exited on signal 11 (Segmentation fault).
--------------------------------------------------------------------------

Could not parse feature flags.
make[3]: *** [test] Error 1
make[2]: *** [test] Error 2
make[1]: *** [psmp] Error 2
make: *** [test] Error 2

fineren

请问各位，用toolchain安装2023.1的ptscotch的时候，显示cp:  cannot state './include/parmetis.h' no such file or directory
ERROR: (./scripts/stage5/install_ptscotch.sh, line 57) Non-zero exit code detected.
应该是没有安装ParMetis，按照github的提示：git clone https://github.com/KarypisLab/ParMETIS.git，显示下载成功，但是接下来应该如何安装该程序？

moritaichi

楼主，我请教个问题哈。我的4个AIMD任务在自己编译的CP2K下都是可以正常跑的，没问题。我试了你这个编译方法，发现两个问题。第一是这四个MD任务统统会卡在第249步，我每个任务都跑了两三次，四个任务都跑过了，每次都是停在第249步，很奇怪。
第二就是不联网的话，就没法提交计算任务。楼主有什么头绪吗

冰释之川

fineren 发表于 2023-4-9 15:28
请问各位，用toolchain安装2023.1的ptscotch的时候，显示cp:  cannot state './include/parmetis.h' no suc ...

没装过这个插件 不太清楚。。

冰释之川

moritaichi 发表于 2023-4-20 18:40
楼主，我请教个问题哈。我的4个AIMD任务在自己编译的CP2K下都是可以正常跑的，没问题。我试了你这个编译方 ...

不联网没法提交计算是什么意思？什么报错信息？openmpi不需要联网，但是需要有网卡激活；你这计算到一半卡住的现象我没碰到过。这边建议如果自己的方法编译都可以正常跑，可以考虑用自己的方法来编译

牧生

冰释之川 发表于 2023-4-21 06:28
不联网没法提交计算是什么意思？什么报错信息？openmpi不需要联网，但是需要有网卡激活；你这计算到一半 ...

他说的应该是这种情况，第七楼可以解决
http://bbs.keinsci.com/thread-24539-1-1.html

moritaichi

冰释之川 发表于 2023-4-21 06:28
不联网没法提交计算是什么意思？什么报错信息？openmpi不需要联网，但是需要有网卡激活；你这计算到一半 ...

谢谢楼主回复。不能联网的报错是这个，和楼下说的7楼那个一样No network interfaces were found for out-of-band communications。这个问题通过下面的方法重新编译已经解决了。
我推测是你的脚本中的MKL数学库可能有些冲突，就用你的编译套件和自己准备的MKL库重新编译了一次，这次4个同样的任务中，有3个可以正常计算了，还有一个会卡在131步，无论我尝试几次都会卡在这里（所有CPU都满载工作但是任务不继续进行）。
顺带补充一下，我的任务都是联用plumed的，这个每次算到131步就会这样，该有的Hill和colvar文件里打开也都是一片空白。

冰释之川

moritaichi 发表于 2023-4-21 09:41
谢谢楼主回复。不能联网的报错是这个，和楼下说的7楼那个一样No network interfaces were found for out- ...

脚本默认不装mkl库啊。。