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[综合讨论] 求助VMD画二维材料的径向分布函数(RDF)图出错

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本帖最后由 chen0201 于 2022-11-12 18:49 编辑

用vasp跑了一个二维材料的AIMD过程,但是导出数据用VMD画图时一直报错,请问这种怎么解决呢?另外,文献是可以跑出来并且画出来的

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发表于 Post on 2022-11-11 22:03:49 | 只看该作者 Only view this author
pdb文件里没有原子类型信息,没法通过type选择原子。要么用name,要么用element选择

径向分布函数叫rdf,不叫RMD
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-16 11:45:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-11 22:03
pdb文件里没有原子类型信息,没法通过type选择原子。要么用name,要么用element选择

径向分布函数叫rdf ...

谢谢老师,已经改正了,但是用name 和element还是不行,请问这个怎么解决呢?

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发表于 Post on 2022-11-17 01:55:12 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2022-11-16 11:45
谢谢老师,已经改正了,但是用name 和element还是不行,请问这个怎么解决呢?

Graphics - Representation - Selections里keyword一栏中选name,看右边的列表里有什么,那里面有的才是当前可以用的name。先确保选择语句对于当前体系正确
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-21 16:09:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-17 01:55
Graphics - Representation - Selections里keyword一栏中选name,看右边的列表里有什么,那里面有的才是 ...

是正确的,但是我体系有多个相同的原子,请问这个怎么实现两个原子之间的径向分布函数吗?

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发表于 Post on 2022-11-21 16:33:50 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2022-11-21 16:09
是正确的,但是我体系有多个相同的原子,请问这个怎么实现两个原子之间的径向分布函数吗?

你自己看那个终端的黑框报错,说明vmd计算rdf的工具只适用于正交盒子体系,而你的体系并不是。

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发表于 Post on 2022-11-22 00:37:36 | 只看该作者 Only view this author
非正交盒子的情况,可以用VMD转出来trr和gro文件,用GROMACS的gmx rdf工具计算rdf
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-26 16:16:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chen0201 于 2022-11-26 16:39 编辑
lyj714 发表于 2022-11-21 16:33
你自己看那个终端的黑框报错,说明vmd计算rdf的工具只适用于正交盒子体系,而你的体系并不是。

这样啊,明白了,我的确实不是正交盒子体系,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-29 21:07:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-22 00:37
非正交盒子的情况,可以用VMD转出来trr和gro文件,用GROMACS的gmx rdf工具计算rdf

好的,谢谢老师,我去试试

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发表于 Post on 2022-11-29 21:19:35 | 只看该作者 Only view this author
把USE PBC去掉

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-3 12:21:47 | 只看该作者 Only view this author

可以啦!!!!谢谢老师!太感谢啦!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-17 11:53:03 | 只看该作者 Only view this author

老师,我还想问下,我取消了PBC确实可以画径向分布图,但是结果不收敛到1,请问这个怎么解决啊?

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发表于 Post on 2023-1-29 09:52:38 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2022-12-17 11:53
老师,我还想问下,我取消了PBC确实可以画径向分布图,但是结果不收敛到1,请问这个怎么解决啊?

取消PBC RDF肯定不到1了,只能用来对比第一个峰

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-2 15:12:01 | 只看该作者 Only view this author
hdmd 发表于 2023-1-29 09:52
取消PBC RDF肯定不到1了,只能用来对比第一个峰

那请问这样的结果是可以用的吗?没有收敛到一的结果。

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发表于 Post on 2023-2-2 16:36:04 | 只看该作者 Only view this author
chen0201 发表于 2023-2-2 15:12
那请问这样的结果是可以用的吗?没有收敛到一的结果。

如果是只分析第一峰,理论上是可以用的

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