Windows下的gromacs2021.6的GPU版本与gromacs2022的CPU版本

Chris——szk · 发表于 Post on 2022-12-3 15:35:31

gromacs2022的Windows系统下的GPU版本在这个链接，感兴趣可以尝试一下），设置环境变量就可以运行
链接：https://pan.baidu.com/s/18vuQLPTxm5sHq7PmTvYA7g?pwd=6666
提取码：6666

Acee · 发表于 Post on 2022-12-4 16:08:40

我之前也编译出了2022cpu版本的，gpu的没成功

Acee · 发表于 Post on 2022-12-4 16:09:25

Chris——szk 发表于 2022-12-3 15:16
我刚刚试出来了，今天应该可以发布一下编译好的Windows版本的2022了

期待，有编译过程的教程就更好啦

夏一天 · 发表于 Post on 2022-12-5 11:35:47

Chris——szk 发表于 2022-12-3 15:21
2022的优点来说就是自由能计算支持SIMD指令集，使用GPU计算现在加速相比之前的版本快2-3倍吧，我上次找了 ...

这个“自由能计算支持SIMD指令集”指的是什么自由能计算？和gmmpbsa计算自由能不是一回事吧？

夏一天 · 发表于 Post on 2022-12-5 11:38:25

Chris——szk 发表于 2022-12-3 15:35
gromacs2022的Windows系统下的GPU版本在这个链接，感兴趣可以尝试一下），设置环境变量就可以运行
链接：h ...

这2022.1版MD速度和2021.6一样，貌似没有提升

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-12-5 11:54:40

Chris——szk 发表于 2022-12-3 15:21
2022的优点来说就是自由能计算支持SIMD指令集，使用GPU计算现在加速相比之前的版本快2-3倍吧，我上次找了 ...

2021版本计算TI/FEP就比2020版本快2-3倍。2022版本在这方面提升相较于2021版并不大。或许你所谓的“之前版本”指的是2020，但这里在说2021。

Chris——szk · 发表于 Post on 2022-12-5 15:00:37

Entropy.S.I 发表于 2022-12-5 11:54
2021版本计算TI/FEP就比2020版本快2-3倍。2022版本在这方面提升相较于2021版并不大。或许你所谓的“之前 ...

2022相比于2021版本，我找了TI和FEP 的benchmark测试过了一下确实没什么速度区别，但是好像在溶解自由能上面可能要快个2-3倍），可以试试下面这个）
https://www.mpinat.mpg.de/632213/benchSNC.zip

Chris——szk · 发表于 Post on 2022-12-5 15:01:29

夏一天发表于 2022-12-5 11:35
这个“自由能计算支持SIMD指令集”指的是什么自由能计算？和gmmpbsa计算自由能不是一回事吧？

不是不是，我目前测出来的好像这个功能对溶解自由能管用，不知道具体设置上还有没有什么区别）

Chris——szk · 发表于 Post on 2022-12-5 15:02:00

夏一天发表于 2022-12-5 11:38
这2022.1版MD速度和2021.6一样，貌似没有提升

一般MD的速度确实提升不大

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-12-5 15:57:19

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-12-5 16:04 编辑

Chris——szk 发表于 2022-12-5 15:00
2022相比于2021版本，我找了TI和FEP 的benchmark测试过了一下确实没什么速度区别，但是好像在溶解自由能 ...

TI/FEP是算法，溶解自由能计算是应用；溶解自由能在GMX中可用TI/FEP来算。两者不在同一层次上，请弄清楚基本概念。

至于你引用的这个benchmark文件，并不涉及自由能计算；此外模型的原子数过少，在当今硬件条件下没有测试价值。我试了，对于此任务，2021.6与2022.4速度上并无区别，硬件：AMD Ryzen R9 5950X & NVIDIA GeForce RTX 3080Ti，软件：Linux 5.15.0-56-generic x86_64，GNU 11.3.0，CUDA 11.8。

想深入了解GMX的GPU加速功能，仔细看性能翻倍？RTX4090科学计算之经典MD模拟全面测试以及末尾“推荐阅读”部分。

Chris——szk · 发表于 Post on 2022-12-5 19:28:24

Entropy.S.I 发表于 2022-12-5 15:57
TI/FEP是算法，溶解自由能计算是应用；溶解自由能在GMX中可用TI/FEP来算。两者不在同一层次上，请弄清楚 ...

好的好的，谢谢老师指点！）

夏一天 · 发表于 Post on 2022-12-5 21:50:53

Chris——szk 发表于 2022-12-5 15:02
一般MD的速度确实提升不大

能够编辑出winGPU版本已经很厉害了，佩服！

lmch · 发表于 Post on 2022-12-31 14:15:24

Chris——szk 发表于 2022-12-3 15:16
我刚刚试出来了，今天应该可以发布一下编译好的Windows版本的2022了

请教一下，这个/MD与/MT不匹配的问题如何解决呢？需要把工程里所有的c++选项都手动修改吗？

Chris——szk · 发表于 Post on 2023-1-2 13:47:01

lmch 发表于 2022-12-31 14:15
请教一下，这个/MD与/MT不匹配的问题如何解决呢？需要把工程里所有的c++选项都手动修改吗？

将build.ninja这个文件中的MD替换成MT即可）

xptracy · 发表于 Post on 2023-1-24 09:14:07

Chris——szk 发表于 2022-11-29 22:53
两个都可以的，gromacs2021.6的这个版本可能需要自己安装好cudatoolkit就可以运行了，也有可能需要自己安 ...

cudatoolkit怎么看装好没，装了还是提示找不到cufft64_10.dll

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