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[GROMACS] 求助:gromacs小分子有机盐吸附固体表面问题求助,分子吸附不到固体表面

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本帖最后由 wangwenfei 于 2022-12-1 21:26 编辑

我想做一个小分子有机盐(黄原酸钠,—C(=S)SNa,简称黄药)在水溶液中吸附固体表面(黄铁矿FeS2矿物表面,元素为S和Fe)的分子动力学,作用机理主要是两个带负电的S与固体表面的带正电的Fe作用,类似形成一个四元环,现在遇到一个问题,我的吸附分子一直在水中运动,固体表面对吸附分子并没有什么吸引力,吸附分子和固体表面的输入文件都是基于sobtop产生的,附上我的各个文件(都是在水环境跑的,为了清楚观察没有展示水)。不知道有没有描述清楚,请各位老师不吝赐教,谢谢。

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发表于 Post on 2022-12-2 03:53:05 | 只看该作者 Only view this author
仅仅通过原子电荷描述静电相互作用的话,相对于水,黄原酸根对Fe的结合占不到什么便宜,从硫原子和水中的氧原子的原子电荷数值上便知。
如果你确信吸附应当是会发生的,可能需要跑从头算动力学才能展现出来黄原酸根在吸附上的优势(以体现S和O的配位能力的差异)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-2 08:31:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-2 03:53
仅仅通过原子电荷描述静电相互作用的话,相对于水,黄原酸根对Fe的结合占不到什么便宜,从硫原子和水中的氧 ...

谢谢社长,我现在确认吸附是可以发生的,但至于您说的从头开始算动力学是什么意思

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发表于 Post on 2022-12-2 08:39:47 | 只看该作者 Only view this author
wangwenfei 发表于 2022-12-2 08:31
谢谢社长,我现在确认吸附是可以发生的,但至于您说的从头开始算动力学是什么意思

那叫从头算动力学,别脑补成什么“从头开始算动力学”
论坛首页google框自己搜,好好看此文
在网上求助计算化学问题时的注意事项
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