求助过渡态路径建模问题

wPV · 发表于 Post on 2022-12-7 10:32:44

求助：算过渡态时，建模只需要建路径那一段吗？计算也算路径那一段吗？不需要建完整的模型吗？

含光君 · 发表于 Post on 2022-12-7 15:09:02

不知道你在说什么，如果你没有充分了解NEB和CI-NEB原理的话建议先看这部分资料。
然后参考大师兄科研网上的教程上机实践。 https://www.bigbrosci.com/2018/11/10/ex72/

wPV · 发表于 Post on 2022-12-7 16:42:48

含光君发表于 2022-12-7 15:09
不知道你在说什么，如果你没有充分了解NEB和CI-NEB原理的话建议先看这部分资料。
然后参考大师兄科研网上 ...

我看过大师兄的文章，原子体系很小，跑的很快。如果体系有一万个原子，只计算一个原子的过渡态，这个原子只经过10个原子，我是在一万个体系里跑过渡态，还是截取这10个原子片段出来跑。

含光君 · 发表于 Post on 2022-12-7 18:37:34

要考虑反应位点周边原子产生的影响，但也应该不至于要装一万个原子进去。

wPV · 发表于 Post on 2022-12-7 21:07:08

含光君发表于 2022-12-7 18:37
要考虑反应位点周边原子产生的影响，但也应该不至于要装一万个原子进去。

谢谢，那我问一下，如何判断周边原子产生影响

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