推荐一套适用于VASP的GPU配置

szp12345 · 发表于 Post on 2022-12-22 22:04:44

本帖最后由 szp12345 于 2023-1-3 11:11 编辑

本人手里有两张RTX2080S显卡，尝试使用GPU版VASP，发现GPU加速效果硬实很好。但是2080S只有8G显存，计算较大的体系时经常爆显存，官网建议使用P100、V100、A100等计算卡，在某宝上调研P100价格很好，入手了两张，当时价格为2100一张，对比2080S速度提升非常明显，测试结果如下：

测试结果对比

CPU计算速度

2080S计算速度

P100计算速度

趁最近显卡降价又购置了一套GPU机器，具体配置及价格如下：

CPU：2696V3 *2                470*2  （某宝）
内存：镁光2133 16G*8       148*8  （某宝）
主板机箱电源：超微7048GR 3500 （某鱼）
计算卡：TESLA P100             1500*4（某宝）
硬盘：500G机械，闲置硬盘
总价11624，不含税

由于最近快递瘫痪，买的东西迟迟未到，新机器测试结果等后续再补发。
另由于本人是做实验出身的，计算只是略懂皮毛，测试对比可能有不准确之处，仅供参考。

应KiritsuguPapa之邀，分享测试文件和vasp编译文件

input-makefile.rar (451.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

szp12345 · 发表于 Post on 2022-12-22 22:06:05

本帖最后由 szp12345 于 2022-12-25 20:15 编辑

补发四卡测试结果，计算速度提升明显，比双卡快了一倍，约6秒一个电子步。

4卡P100测试结果

顺便说一下其它问题：
1，P100的双精度为2080S的10倍左右，但实际计算速度P100是2080S的2倍，有没有大佬知道什么原因？
2，P100计算时使用率最高90%左右，2080S则100%，是否CPU瓶颈？

Picardo · 发表于 Post on 2022-12-22 22:13:41

楼主也测下cpu计算时间呗

szp12345 · 发表于 Post on 2022-12-22 23:15:52

Picardo 发表于 2022-12-22 22:13
楼主也测下cpu计算时间呗

上面测试结果里面有，双路2696V3共36核，每电子步平均时间40秒

Picardo · 发表于 Post on 2022-12-23 09:23:55

本帖最后由 Picardo 于 2022-12-23 09:28 编辑

szp12345 发表于 2022-12-22 23:15
上面测试结果里面有，双路2696V3共36核，每电子步平均时间40秒

好的，羊了之后，眼神有点问题，抱歉

。请教一下，vasp算aimd的时候主要用单精度嘛

szp12345 · 发表于 Post on 2022-12-23 17:23:10

Picardo 发表于 2022-12-23 09:23
好的，羊了之后，眼神有点问题，抱歉。请教一下，vasp算aimd的时候主要用单精度嘛

双精度，2080S的单精度比P100的强，但还是P100计算速度快

abin · 发表于 Post on 2022-12-23 19:03:27

楼主，用简单的测试数据，
再次论证了，
对于VASP等依赖双精度的计算任务，
使用专业卡，效果当然不错了。

这玩意不是跑MD，消费级的GPU是没啥用处的。

新卡当然很贵了，不过可以试试万能的某宝某鱼呀。
反正都是拆机旧货，能用就行呗。

ghifi37 · 发表于 Post on 2022-12-25 10:15:53

VASP不能跨卡分配显存，32G的黄卡超过2万块一张，不知啥时候能再腰折一次！

szp12345 · 发表于 Post on 2022-12-25 20:09:19

ghifi37 发表于 2022-12-25 10:15
VASP不能跨卡分配显存，32G的黄卡超过2万块一张，不知啥时候能再腰折一次！

等吧，目前16G显存基本够用。
不过，腰折一次还是买不起，得好几次...

szp12345 · 发表于 Post on 2022-12-25 20:19:48

abin 发表于 2022-12-23 19:03
楼主，用简单的测试数据，
再次论证了，
对于VASP等依赖双精度的计算任务，

确实，通用就行。另外，捡垃圾使我快乐

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2023-1-1 18:32:26

能否分享一下任务文件和编译参数？

szp12345 · 发表于 Post on 2023-1-3 11:12:18

KiritsuguPapa 发表于 2023-1-1 18:32
能否分享一下任务文件和编译参数？

已上传贴子附件，欢迎一同探讨

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2023-1-3 11:37:02

szp12345 发表于 2023-1-3 11:12
已上传贴子附件，欢迎一同探讨

谢谢我也测试一下

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2023-1-3 16:55:02

本帖最后由 KiritsuguPapa 于 2023-1-3 17:39 编辑

用纯CPU、64核8336C跑的结果：

$ grep -m 1 F= OSZICAR
1 T= 400. E= -.38353970E+04 F= -.38601816E+04 E0= -.38581903E+04 EK= 0.24785E+02 SP= 0.00E+00 SK= 0.00E+00
$ grep -m 1 LOOP+ OUTCAR
LOOP+: cpu time 746.1045: real time 751.6612（共81个电子步）

麻烦楼主对比看看第一步离子步的时间？以及能量值是否相近？因为CPU和GPU算法不同，电子步时间不一定能直接比较。
上面测试是用vasp_gam跑的，记得用OpenACC应该也能用vasp_gam来着？
稍后我再测一下3090和tesla T4的情况发上来

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2023-1-3 17:39:32

52核8272CL的结果：

$ grep -m 1 F= OSZICAR
1 T= 400. E= -.38354115E+04 F= -.38601818E+04 E0= -.38581908E+04 EK= 0.24770E+02 SP= 0.00E+00 SK= 0.00E+00
$ grep -m 1 LOOP+ OUTCAR
LOOP+: cpu time 1149.2981: real time 1162.3467（共77个电子步）

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[配置讨论] 推荐一套适用于VASP的GPU配置

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