ORCA5.0.3利用G16解析Hessian进行ESD计算

白也

前几天刚用ORCA算的激发态Hessian来计算ISC速率，真是上了个大当，一个振动算三四天。感谢，总算不用捏着鼻子用ORCA算激发态Hessian了

zhaixiaoyi001

白也 发表于 2023-5-18 10:38
前几天刚用ORCA算的激发态Hessian来计算ISC速率，真是上了个大当，一个振动算三四天。感谢，总算不用捏着鼻 ...

因为G16和ORCA5的计算级别做不到完全一致，所以势能面还是有些误差的，有时候算出来会有虚频，而且计算出的数据会有一些误差。

cokie

老师您好，我想请教一下，在学习使用您写的脚本时，出现了如图的情况，一直卡在这里，请问是什么情况呢（我安装了Python3.11.4，并且安装了对应的numpy库，脚本里把对应文件名改了，并且把脚本和fchk以及gjf都放在同一文件下了。）

zhaixiaoyi001

cokie 发表于 2023-6-8 21:48
老师您好，我想请教一下，在学习使用您写的脚本时，出现了如图的情况，一直卡在这里，请问是什么情况呢（我 ...

这里filename = input("请输入")这块不需要改成你的文件名。这个命令是从用户输入读取文件名的意思，直接把同目录下的文件名输入就行，不需要更改脚本。

dacaoyang2008

请问为什么orca_vib t1_opt.hess时总是提示Error-Message:error while reading $act_energy

zhaixiaoyi001

dacaoyang2008 发表于 2023-6-24 08:40
请问为什么orca_vib t1_opt.hess时总是提示Error-Message:error while reading $act_energy

可能是文件内容有问题，你把所有需要的文件发上来看看

qaqfdmmj

你好，我最近刚刚接触orca（算振动分辨），想问一下这个方法利用gaussian计算得到ben-s1-freq.hess，是不是说就不用orca进行频率计算而仅进行结构优化即可？

wzkchem5

qaqfdmmj 发表于 2024-6-22 04:07
你好，我最近刚刚接触orca（算振动分辨），想问一下这个方法利用gaussian计算得到ben-s1-freq.hess，是不是 ...

结构优化和频率计算的软件应当统一。如果频率打算用高斯算，那么结构可以用orca预优化，但最终要过一遍高斯的结构优化。

qaqfdmmj

wzkchem5 发表于 2024-6-23 02:36
结构优化和频率计算的软件应当统一。如果频率打算用高斯算，那么结构可以用orca预优化，但最终要过一遍高 ...

wzk老师你好，我之前是用gaussian16算振动分辨荧光但是显示 Total convergence =  0.0%.查阅了论坛发现您曾在别的贴子说过这是因为基态和激发态结构差异较大所致，因此推荐使用orca的esd的vg或ahas方法进行计算。我翻阅了orca5.0.4的manual，请问计算振动分辨荧光前是先得到S0和S1的hessian，然后再输入以下的文件吗（manual中的示例）？
ps：这里如果要使用ahas而不是默认的vg是不是就在esd板块加上hessflag ahas即可？

wzkchem5

qaqfdmmj 发表于 2024-6-27 10:52
wzk老师你好，我之前是用gaussian16算振动分辨荧光但是显示 Total convergence =  0.0%.查阅了论坛发现您 ...

对，但这是AH的写法。VG或AHAS只需要基态结构和基态Hessian，手册另有其他示例

qaqfdmmj

wzkchem5 发表于 2024-6-27 20:11
对，但这是AH的写法。VG或AHAS只需要基态结构和基态Hessian，手册另有其他示例

是的老师，在手册里有VG和AHAS的示例，不过是在吸收光谱的章节中。
q1：如果是计算荧光光谱这里esd板块中需要的结构和hessian是基态还是激发态的呢？
q2：绘制振动分辨荧光光谱时，请问我用官方推荐的avogrado打开out文件->extensions->spectra还是将.spectrum文件中的数据导入origin自己作图呢？因为我看到avogadro中绘制的是uv和cd，不太明白是不是所需要的荧光光谱

wzkchem5

qaqfdmmj 发表于 2024-6-28 07:36
是的老师，在手册里有VG和AHAS的示例，不过是在吸收光谱的章节中。
q1：如果是计算荧光光谱这里esd板块 ...

1. 是基态的
2. 应该用.spectrum文件作图。out文件不包含绘制振动分辨光谱所需的信息，因此不管是avogadro还是其他软件，通过读取out文件作的图应该都是非振动分辨的谱

heroooo

zhaixiaoyi001 发表于 2023-1-10 09:00
最近测试了80原子体系，双路Xeon Platinum 8175M, PBE0-D3/def2-SVP计算水平。 ORCA计算S1 hessian用时约26 ...

请问把高斯计算的.fchk转成.hess文件的原理是什么呢？不同的字段是怎么对应的呢，有没有坐标单位的转换？

zhaixiaoyi001

heroooo 发表于 2024-7-23 16:43
请问把高斯计算的.fchk转成.hess文件的原理是什么呢？不同的字段是怎么对应的呢，有没有坐标单位的转换？

就是把fchk文件中的hessian提取出来，转换成了ORCA .hess文件输出的格式而已，单位什么的都处理好了。

qaqfdmmj

wzkchem5 发表于 2024-6-28 15:41
1. 是基态的
2. 应该用.spectrum文件作图。out文件不包含绘制振动分辨光谱所需的信息，因此不管是avogad ...

老师，我这里还是想确认一下是否写对了……我是计算振动分辨的荧光光谱的，已经提前对S0基态进行了opt+freq的计算，然后代入手册中AHAS的写法如下：
! PBE0 def2-TZVP def2/J def2-TZVP/C RIJCOSX tightSCF noautostart miniprint nopop ESD(FLUOR)
%maxcore     4000
%pal nprocs  48 end
%TDDFT
        NROOTS 10
        IROOT 1
END
%ESD
        GSHESSIAN "6_gs.hess"
        DOHT TRUE
        HESSFLAG AHAS
END
* XYZFILE 0 1  6_gs.xyz
其中6_gs对应的都是S0的结构和hessian，想问一下老师：这样得到的spectrum文件是荧光光谱数据吗？